В ходе «прений» царевна взяла на себя главную роль, доведя вождей староверов до неистовства и продемонстрировав выборным стрельцам, что их проповедники — враги государственного порядка и буяны. Хитроумнейшими маневрами она избежала вспышки бунта, затянула «прения» до вечера, когда толпы москвичей стали расходиться по домам, привлекла на свою сторону часть стрельцов. Ночью, когда главные староверы остались одни с немногочисленными сторонниками, они были схвачены и вскоре казнены. Церковная иерархия была спасена.

Даже вернейшие сторонники Петра поняли, что пока восставшие могут вещать от имени царей, ситуация катится к катастрофе. Они доверились Софье — и та смогла, усыпив бдительность восставших, вывезти царскую семью из Москвы и «странным путем», уйдя от стрелецкой охраны и запутав погоню, спрятать ее за стенами Троице-Сергиева монастыря.

Пока царедворцы умирали от страха, готовые разбежаться при очередном ложном известии о походе стрельцов из Москвы (где даже на Новый год, 1 сентября, не осталось ни одного дворянина), назначенный главнокомандующим князь Василий Голицын и думный дьяк Разрядного приказа Фёдор Шакловитый сумели за месяц собрать армию из более чем ста тысяч человек, против менее чем 25 тысяч стрельцов и солдат (не считая, правда, «черных людей» Москвы).

Тем временем Софья нанесла свой удар, выманив из Москвы и казнив по ложному доносу князя Ивана Хованского со старшим сыном Андреем (17 сентября). Тем самым она лишала восставших возможности придать своим действиям хоть какую-то видимость одобрения со стороны знати. Стране было объявлено, что все московское восстание с самого начала — результат заговора Хованских, стремившихся к захвату царской власти.

Официальная пропаганда делала все, чтобы не допустить распространения сведений об истинных причинах и целях восстания. Объявленные по городам и весям грамоты о «злохищном умышлении» Хованских как бы объясняли, почему с мая по август правительство шло на поводу у бунтовщиков. Ирония истории состояла в том, что несколько лет спустя такое же обвинение было брошено самой Премудрой царевне Софье.

Криво усмехнулась история и Голицыну — видному военному и дипломатическому советнику царя Фёдора, приложившему немалые усилия для завершения перехода русской армии к системе регулярного строя, что было начато еще в 1630-х гг. Благодаря военно-окружной реформе 1679 г. русская армия стала регулярной на ⁴/₅ своего состава. Она насчитывала 55 тысяч вооруженных по последнему слову техники стрельцов, 61,3 тысячи солдат, 30,5 тысячи рейтар, полки и эскадроны драгун, гусар, отдельные артиллерийские соединения и т.д.

Как раз в конце 1681-го — начале 1682 г. собор «великих государевых ратных и земских дел», обсудив под председательством Голицына современную ситуацию в европейском военном деле, пришел к решению о реформировании последних сил дворянского ополчения — Государева двора (отменив заодно местничество). Но по этим реформам Центр России, где шла мобилизация против восставших, был лишь базой пополнения полков, расположенных в пограничных военных округах!

Голицын не решился снимать войска с границ, на которые, по сведениям Посольского приказа, уже напали кочевники и куда жадно посматривали поляки и шведы, турки и татары. Лишь из Великого Новгорода были вызваны 40 тысяч более-менее организованных бойцов. Закаленные в непрерывных войнах прошлых десятилетий полки западных и юго-западных округов остались на местах, тем более что они сами волновались и не были полностью дворянскими. Строитель регулярной армии оказался командующим древнего ополчения из дворян и их холопов — единственной силы, пригодной для карательных функций. Неудивительно, что двор временами готов был сдаться на милость восставших, а храбрые вояки Голицына вместо похода на Москву думали о зимовке под Троицей.