В последних числах июня 1209 года на Роне собралось войско из пятнадцати-двадцати тысяч северных дворян, рыцарей, солдат, прислуги, авантюристов и маркитантов. Небогатый французский барон Симон де Монфор должен был выступать в качестве военного предводителя. Их духовным лидером был папский легат Арнольд Альмарик – фанатик, цистерцианец и в то время аббат Сито . К 22 июля войско прибыло в стратегический город Безье, среди жителей которого было немало катаров. Во время последовавшего затем разграбления города Арнольда спросили, как отличить еретиков от праведных католиков. Папский легат ответил одной из самых позорных фраз в истории Церкви: «Бейте их всех, Господь своих узнает!» В устроенной крестоносцами резне погибло около 15 тысяч мужчин, женщин и детей. С торжеством, граничившим с экстатическим восторгом, Арнольд писал папе, что в расчет не принимались «ни возраст, ни пол, ни занимаемое положение».

Разграбление Безье повергло в ужас всю Южную Францию. Крестоносцы еще только пытались построиться в боевые порядки среди дымящихся развалин, когда прибыла делегация из Нарбонна, предлагавшая сдать всех катаров и иудеев (которые также стали к этому времени «законными мишенями») в своем городе, а также обеспечить армию провиантом и деньгами. Жители других городов и селений покидали свои дома, спасаясь бегством в горы и леса. Но крестоносцы имели не только намерение восстановить главенство Рима. Они также были настроены на полное уничтожение еретиков, равно как и на разграбление всего и всех. Посему кампания продолжилась. 15 августа, после непродолжительной осады, сдался Каркассон, и Симон де Монфор стал виконтом Каркассонским. По всему югу еретики десятками сжигались на кострах, а всякий, кто осмеливался выступать против, вздергивался на виселице. Тем не менее катары – поддерживаемые многими южными дворянами, которые пытались оказывать сопротивление опустошительным набегам, – отвечали на удары, и многие города и замки не один раз переходили из рук в руки. Масштабы кровопролития возрастали. В 1213 году король Арагона попытался встать на сторону катаров и южнофранцузских феодалов, однако его армия была разбита крестоносцами в сражении при Мюре, а сам он был убит. Осенью 1217 года крестоносцы обрушились на Тулузу, после чего последовала девятимесячная осада. 25 июня 1218 года Симон де Монфор встретил смерть у стен города, сраженный куском кирпичной кладки, которую выпустила из требюше одна из защитниц города. Со смертью де Монфора армия крестоносцев стала рассеиваться, и на разграбленную и истерзанную землю снизошел зыбкий и непрочный мир. Он длился недолго. В 1224 году был предпринят новый крестовый поход против юга, военным предводителем которого стал король Людовик VIII, а в роли религиозного вдохновителя выступал все тот же Арнольд Альмарик. Несмотря на смерть французского короля в 1226 году, кампания продолжалась до тех пор, пока в 1229 году весь Лангедок  не оказался под властью французской короны.

Дальнейшие восстания катаров против новой власти происходили в 1240 и 1242 годах. 16 марта 1244 года после длительной осады пал Монсегюр, самый важный из остававшихся оплотов катаров, и более 200 еретиков были сожжены на кострах у подножия горы, на которой стоял замок. Спустя одиннадцать лет, в 1255 году, пала последняя крепость катаров Керибюс. Только тогда наконец прекратилось организованное сопротивление катаров. К тому времени много уцелевших еретиков бежали в Каталонию и Ломбардию, где они создали новые общины. Даже на юге Франции следы катарской ереси исчезли не полностью. Многие еретики попросту смешались с местным населением и продолжали втайне исповедовать свои догматы и придерживаться своих обрядов.