Введение к книге Дарвин начинает с описания предыстории своего открытия: «Путешествуя на корабле ее величества Бигль в качестве натуралиста, я был поражен некоторыми фактами в области распространения органических существ в Южной Америке и геологических отношений между прежними и современными обитателями этого континента. Факты эти, кажется, освещают до некоторой степени происхождение видов — эту тайну из тайн, по словам одного из наших величайших философов. По возвращении домой я в 1837 году пришел к мысли, что, может быть, что либо можно сделать для разрешения этого вопроса путем терпеливого собирания и обдумывания всякого рода фактов, имеющих какое нибудь к нему отношение».

Как бы извиняясь за недостаток места времени, чтобы написать что-то более объемное, чем его том в сто пятьдесят тысяч слов, Дарвин затем переходит к краткому резюмированию основной идеи. Все писатели научных книг едины во мнении, что перед тем, как обсуждать ответ, нужно обсудить сам вопрос. И это, естественно, должно быть сделано в первую очередь. В противном случае ваши читатели не оценят контекст, в который вписывается ответ. Дарвин этот принцип несомненно знал, поэтому начинает с указания, что «натуралист, размышляющий о взаимном родстве между органическими существами, об их эмбриологических отношениях, их географическом распространении, геологической последовательности и других подобных фактах, мог бы прийти к заключению, что виды не были сотворены независимо одни от других, но произошли, подобно разновидностям, от других видов. Тем не менее подобное заключение, хотя бы даже хорошо обоснованное, оставалось бы неудовлетворительным, пока не было бы показано, почему бесчисленные виды, населяющие этот мир, модифицировались таким именно образом, что они приобретали то совершенство строения и коадаптацию, которые справедливо вызывают наше изумление».

Мы видим и поклон в сторону Пейли — «совершенство структуры» это явная отсылка к аргументу часов и часовщика, а фраза «не были созданы независимо» демонстрирует что Дарвин не купился на выводы Пейли. Но мы так же видим и то, что характеризует всё «Происхождение»: готовность Дарвина признать разногласия в своей теории. Снова и снова он поднимает возможные возражения и не в качестве воображаемых аргументов, которые легко могут быть разбиты, а как серьезные вопросы, требующие рассмотрения. Следует отдать должное Пейли, так как он делал тоже самое, хотя и не зашёл так далеко, признавая невежество: он знал, что был прав. Дарвин, как настоящий учёный, не только сомневался сам, но и делился этим с читателями. Он не пришёл бы своей теории, если бы не обращал внимания на слабые места гипотезы, которая лежала в её основе.

Кроме того, он дает понять, что эта работа является дополнением к рассмотренным им ранее «трансмутациям», а именно: он обнаружил механизм изменения видов. Есть своя прелесть в том, чтобы себя ограничивать — вы свободно можете говорить об ограничениях других. А теперь он говорит, что представляет собой этот механизм. «Виды, как мы знаем, изменчивы — одомашнивание кур, коров и собак является наглядным тому доказательством. И хотя такой отбор тщательно проводился человеком, он открывает путь к отбору видов самой природой, без единого человеческого вмешательства — позже я расскажу об изменчивости видов в естественных условиях. Однако, мы можем обсудить, какие обстоятельства являются наиболее благоприятными для появления вариаций. В следующей главе «Борьба за выживание среди всех живых существ во всем мире», что неизбежно следует из их высокой скорости геометрического роста, будут рассмотрены…Фундаментальные основы Естественного отбора будут довольно подробно рассматриваться в четвертой главе; мы увидим, как естественный отбор почти неизбежно вызывает вымирание менее приспособленных форм жизни и пробуждает то, что я назвал Дивергентным характером.