Командуя 5-й ротой Лейбштандарта, Вильгельм Монке принял участие в присоединении к Третьему рейху Австрии и Судетской области, в оккупации Чехии и Моравии, боевых действиях в Польше, Бельгии, Нидерландах и Франции.28 марта 1940 года он был назначен командиром II батальона ЛАГ.

Имя Монке получило известность во время кампании на Западе 28 мая 1940 года, когда находившиеся под его командованием чины Лейбштандарта перебили в небольшом селении Вормхуд (Ворму) близ Дюнкерка группу британских военнопленных, являвшихся, по большей части, военнослужащими Королевского Уорвикширского полка (RoyalWarwickshires) из состава 28-й дивизии Британских Экспедиционных Сил во Франции. По одной из версий, люди Монке расстреляли от 65 до 90 пленных англичан, по другой — загнали их в сарай и забросали ручными гранатами, а уцелевших расстреляли из пулеметов. Тем не менее, 15 (по другим сведениям — 10) из 80 (или 90) англичан пережили бойню. На свидетельствах этих очевидцев и основывалось в дальнейшем следствие по факту «бойни при Вормхоудте».

Вильгельм Монке принял участие в скоротечной Балканской кампании летом 1941 года (операция Марита/Штрафе) против Югославии и Греции. Он был тяжело ранен в боях с частями югославской королевской армии и только в начале 1942 года смог вернуться на действительную службу. С 16 марта Монке был командиром батальона в дивизии Лейбштандарт. К середине 1943 года он дослужился до звания оберштурмбаннфюрера СС. При формировании 12-й броне-гренадерской (панцер-гренадерской, мотопехотной) дивизии СС Гитлерюгенд 30 октября 1943 года. Монке был переведен в нее из Лейбштандарта и назначен командиром 26-го броне-гренадерского полка СС в составе новой дивизии. Он командовал этим полком во время высадки войск западных союзников в Нормандии в 1944 году. По приказу Вильгельма Монке чинами дивизии СС Гитлерюгенд из состава 26-го броне-гренадерского полка СС было расстреляно несколько канадских военнопленных. Кроме того, он, якобы, участвовал в «бойне при Мальмеди». После успешного прорыва германских войск из Фалезского котла в ходе операции Люттих (Льеж), Вильгельм Монке, награжденный за успешное командование полком и «в знак признания жертв, принесенных гренадерами дивизии Гитлерюгенд на алтарь Отечества в ходе боев за Нормандию», 11 июля 1944 года Рыцарским крестом Железного креста, участвовал в организации германской обороны на западном берегу Сены. Монке, якобы, был тем самым «высокопоставленным чином Ваффен СС», который отдал приказ не брать пленных, вследствие отдачи которого стала возможной «бойня при Мальмеди». Данное утверждение обвинителей было голословным, никаких письменных приказов и распоряжений Монке на этот счет не сохранилось. Да и какое значение приказ, отданный командиром полка СС, входившего в состав дивизии Гитлерюгенд, своим подчиненным, мог повлиять на поведение чинов 1-го танкового полка совсем другой дивизии СС — Лейбштандарт СС Адольфа Гитлера — под Мальмеди? Между тем, известно, что американский командующий генерал Дуайт Эйзенхауэр («Айк») отдал своим войсками приказ не брать в плен германских эсэсовцев и парашютистов… 17 июля 1944 года Вильгельм Монке был в очередной раз ранен, но, не долечившись, вступил в командование боевой группой своего имени до 28 (по другим сведениям — 31) августа 1944 года, после чего заменил тяжело раненого Фрица Витта на посту командира «своей родной»1-й танковой дивизии СС Лейбштандарт СС Адольфа Гитлера.