Генсло уговорил Чарлза отложить Канары и напроситься к Седжвику в экспедицию по Уэльсу. Седжвик дал задание: дома составить карту окрестностей. Чарлз бросил жуков, накупил дорогих измерительных приборов, мерил углы наклона кроватей, стульев и стен. 4 августа Седжвик заехал за ним в Шрусбери, вечером состоялся примечательный разговор: Чарлз рассказал, как рабочий нашел тропическую раковину, и ждал от Седжвика восторга. Но профессор сказал, что раковину кто-то выбросил, а если бы она и впрямь нашлась в древних отложениях Шрусбери, это «опрокинуло бы всю геологию и было чудом». Так Чарлз понял, что наука «заключается в группировке фактов, которая позволяет выводить на основании их общие законы», и что ученые, даже будучи священниками, не признают чудес.

На следующий день двинулись в путь, обошли север Уэльса, собирали образцы пород («камни», как говорят обыватели), наносили на карту места их залегания, Чарлз учился «читать пейзаж» и «складывать факты в теорию». Через неделю в местечке Кейп-Кьюриг расстались: Седжвик продолжал изыскания, Чарлз пошел через горы в Бармут, там повидал кембриджских приятелей и узнал, что Рэмзи умер и плыть на Канары не с кем. Поехал домой, как пишут биографы, в отчаянии, сам он этого не подтверждает: «Я вернулся в Шрусбери и Мэр, чтобы охотиться, ибо в те времена счел бы себя сумасшедшим, если бы пропустил первые дни охоты на куропаток ради геологии или какой-нибудь другой науки».

Добрался домой 29 августа и обнаружил письмо от Генсло, отправленное пять дней назад, и приложенное к нему письмо кембриджского профессора Пикока с просьбой рекомендовать ученого для организованной Адмиралтейством (военно-морским министерством) трехлетней экспедиции к берегам Южной Америки на корабле «Бигль». Задачи экспедиции: составление карт и проверка расчетов широты и долготы, капитан — 26-летний Роберт Фицрой, уже сделавший пять лет назад рейс на «Бигле» к Огненной Земле, архипелагу на крайнем юге Южной Америки. Фицрой считал, что там есть полезные ископаемые, но геолога, чтобы это проверить, в первой экспедиции не было, теперь он нужен, и хорошо бы он был натуралистом широкого профиля, который сумеет собрать диковины и приклеить к ним этикетки. Фицрой попросил чиновника Ф. Бофорта найти такого человека, Бофорт консультировался с Пикоком, тот посоветовал Дженинса, Дженинс отказался, обратились к Генсло, и он рекомендовал Дарвина, как объяснял ему в письме, «не потому, что считаю Вас состоявшимся натуралистом, а потому, что Вы внимательны, наблюдательны и круг Ваших интересов широк». Отплытие 25 сентября, о жалованье Генсло ничего не знал, Пикок же писал: «Адмиралтейство не расположено платить, но, если потребуется, я думаю, они заплатят».

Чарлз заручился поддержкой сестер, пришли к отцу, тот колебался, наутро 30 августа сказал, что ехать нельзя. Парень уже второй раз бросает институт, едет черт знает куда, старший вырос бездельником, теперь этот. Роберт выставил ряд аргументов, вот некоторые, записанные его сыном: «Это дискредитирует мою репутацию как лица, которому предстоит стать священником… Уже предлагали, вероятно, это место многим другим, а раз оно не было никем принято, ясно, что имеются какие-то возражения против корабля или экспедиции… Впоследствии я уже не буду способен вести спокойную жизнь…» Сестры одумались и приняли сторону отца.