В записной книжке 1837 года он писал о «законе смешанных браков, сочетающих признаки обоих родителей». Правда, добавил, что «незначительные» признаки родителей «стираются», а «более резко выраженные имеют тенденцию воспроизводить одного из родителей». Заходил и дальше: «Каждая частица животного должна заключать в себе структуру целого, которая сама управляет собой — она знает, как расти…» 12 ноября 1857 года делился с Хаксли: «Я склонен предположить… что размножение путем оплодотворения окажется чем-то вроде смеси, а не простого слияния, двух индивидов, или, вернее, бесчисленных индивидов, так как каждый из родителей имеет родителей и предков». А в первом издании «Происхождения видов» говорится: «У породы, которая никогда не подвергалась скрещиванию, но у которой оба родителя утратили какой-нибудь из признаков своего предка, тенденция воспроизводить утраченный признак может сохраниться в ряде поколений… Когда признак, исчезнувший у данной породы, появляется вновь после длинного ряда поколений, нельзя предполагать, что одна особь внезапно уродилась в предка, наиболее вероятной будет гипотеза о том, что в каждом последующем поколении данный признак таился в скрытом состоянии…»

Он и опыты с горохом проводил и докладывал о них в «Хрониках садовода», а описание чужих опытов включил в «Изменения»: «Майор Тревор Кларк оплодотворял маленький гладколистный однолетний левкой пыльцой с крупного двулетнего левкоя, у которого шероховатые листья… оказалось, что у половины сеянцев были гладкие листья, а у другой половины шероховатые, но ни у одного не было листьев в промежуточном состоянии… В последующих поколениях, выведенных от скрещенных между собой сеянцев с шероховатыми листьями, появилось несколько гладколистных растений; это показывает, что признак гладкости листьев, хотя и неспособный к слиянию с шероховатыми листьями и к изменению их, все время присутствовал в скрытом состоянии». А вот письмо Уоллесу от 6 февраля 1866 года: «Мне кажется, Вы не понимаете, что я имею в виду, говоря о несмешении некоторых сортов… хотя эти случаи кажутся удивительными, я не думаю, что они более удивительны, чем то, что женщины рожают мальчиков или девочек и ничего промежуточного». А позднее, скрещивая львиный зев, он получил во втором поколении гибридов числовое соотношение, почти идентичное менделевскому «¾ — ¼».

Почему он не сформулировал те же выводы, что и Мендель? Потому, что знал слишком много такого, что им противоречило, и видел куда более сложную и близкую к современным представлениям картину. Он скрещивал примулы, у которых разделение гибридов не соответствует соотношению «¾ — ¼», наблюдал разные числовые соотношения у разных растений. У животных все еще сложнее: белая кошка от черного кота рожала какого-нибудь «серо-буро-малинового» котенка. Мендель писал, что разные черты наследуются независимо друг от друга, так что нет связи, например, между цветом кошки и длиной хвоста. Но это верно лишь для признаков, которые не сцеплены друг с другом, а таких очень мало. Дарвин отмечал эту «сцепленность»: например, голубые глаза котят обычно связаны с глухотой. Поэтому его выводы о правилах наследственности всегда были крайне осторожны: эти правила сложные, от их понимания мы пока очень далеки.

Сажре, Нодэн, Мендель не знали физической природы «элементов» или «сущностей», являющихся носителями наследственности, и гипотез не строили.