Пангенезис позволял ответить на многие вопросы. Почему признаки передаются от родителей к детям раздельно? Потому что геммулы «не скопляются вместе в сложную геммулу, но остаются свободными и раздельными». Почему один признак доминирует над другим? Геммулы одного родителя «могут по числу, сродству или мощности иметь преимущество» над геммулами другого. Почему некоторые признаки передаются только одному полу? «В самке содержатся геммулы, способные развиться во вторичные мужские половые признаки, и наоборот». «Уродства» (соматические мутации) пангенезис объяснял так: «Геммулы перемещенных органов развиваются не на месте, вследствие своего соединения не с теми клетками, с какими следовало».

Дарвин считал, что геммулы находятся не только в половых клетках, а всюду — в клетках руки, ноги, головы — и с током крови (или еще чего-нибудь) попадают в половые клетки. «Они собираются из всех частей системы для построения половых элементов, развитие же их в следующем поколении образует новое существо; но они также могут передаваться в состоянии покоя будущим поколениям и развиваться в них». Если человеку ампутируют ногу, клетки ноги изменяются и «отделяют от себя геммулы, сходным образом измененные»; эти новые геммулы попадают в половые клетки, и вот результат: ребенок унаследует не ту ногу, что была у его родителя с детства, а ту, какой она стала к моменту зачатия: культю.

Но неужели он не видел, что у безногого человека или животного на самом деле не рождается детеныш с таким же увечьем?! Видел и нашел объяснение: увечье редко сказывается у потомка, потому что «старые», «правильные» геммулы, происходящие от «правильной» ноги, обычно сильны, а геммулы культи — слабы. Зато понятно, почему привой влияет на подвой: в семена перетекли геммулы привитого черенка. Понятна телегония: «мужской элемент» первого возлюбленного как-то запихнул свои геммулы в «женский элемент», и они будут предательски вылезать при рождении каждого ребенка.

Друзья сказали, что это бред. Правда, Хаксли уже считал бредом происхождение видов от общего предка и теперь осторожничал: «Кто-нибудь спустя полвека будет разбирать Ваши бумаги, наткнется на пангенезис и скажет: "Глядите, какое удивительное предвосхищение современных научных теорий, а эта тупая задница Хаксли помешал опубликовать это"». Однако он отметил, что друг стибрил идею у Бюффона, давно придумавшего «органические молекулы»; каждая часть тела «высылает» эти молекулы, и их соединение дает начало новому существу. Дарвин ответил, что это не то же самое. Главное свойство бюффоновских «молекул» — неизменность, у каждого вида свои «молекулы»; он их и выдумал, чтобы доказать, что виды не связаны друг с другом. Ближе к Дарвину был другой француз, Бонне, придумавший «гермы», которые хранятся в теле и в случае увечья занимаются регенерацией, но из его теории неясно, участвуют ли они в зачатии. Еще один француз, Мопертюи, предлагал теорию «сублимации» половых клеток из всех частей тела, благодаря чему эмбрион «помнит» строение родителей, но толком не объяснил, как происходит «сублимация»: сами клетки бегают с места на место, что ли? Как и их теории, пангенезис почти все сочли чепухой, особенно после того, как в 1871 году Гальтон перелил белым кроликам кровь черных, но ни одного черного в результате не родилось: значит, никаких геммул в крови нет.

Ученые все же продолжали искать материальный носитель наследственности: Карл Нэгели и Август Вейсман предложили «идиоплазму», Хуго де Фриз — «пангены».