Кажется, что идея самозарождения была Дарвину на руку. Раз микробы могут самозарождаться из неорганики, значит, они и на заре земной жизни так сделали, а потом, слепо шаря в поисках ниш, специализировались и дали начало сложным существам. Но, во-первых, теорию самозарождения использовали противники эволюции, утверждавшие, что оно происходило заново после каждого потопа и преемственности между самозародившимися миллион лет назад и самозародившимися сто тысяч лет назад нет. Во-вторых, Дарвин терпеть не мог «тенденций» и «сил», о которых никто не мог ничего сказать. Но если самозарождения нет, то откуда взялись первые живые организмы? Дарвин заявил во втором издании «Происхождения видов»: Творец «вдохнул жизнь в одну или несколько форм». Но и это его не удовлетворяло: если указом были сотворены микробы, то почему бы и не все остальные? И все же между творением и «жизненной силой» он выбрал первое. Но сомневаться не перестал и читал все, что публиковалось по этому вопросу.

В 1860-х годах теория самозарождения стала выглядеть наукообразно: в неорганической грязи происходят химические реакции, жизнь порождает не «жизненная сила», а кислород… Когда Ф. Пуше демонстрировал «самозарождение микробов» в настоях мяса, которые были прокипячены, но не закрыты крышкой, Дарвина это не убедило, и 25 апреля 1863 года он написал в «Атеней»: «"Грязевая масса с распадающейся материей и химическими процессами" — прекрасное убежище для невежества… Кто верит, что органические существа производились в каждом геологическом периоде из мертвой материи, должен полагать, что сначала было время, когда на нашей планете существовали только неорганические вещества. Но есть ли доказательства, что эти вещества, без присутствия органических составов, могли произвести живое существо? В настоящее время это представляется абсолютно невообразимым». Правда, он оговорился, что у естествознания великое будущее, может, когда-то и «жизненная сила» придет в согласие с наукой, но «природу жизни не познать, если считать, что корненожки периодически зарождаются из ила».

Луи Пастер в начале 1860-х опроверг результаты Пуше. Он помещал кипяченую питательную среду в сосуд без крышки, но с длинным, узким, загнутым вниз горлом. Проникновению кислорода это не может помешать. Но микроорганизмы не зародились. Они появлялись, когда отламывали горлышко. Это значило, что они рождались от других микроорганизмов, переносящихся частицами пыли; когда же горло сосуда было извилистым, пыль оседала на изгибах и не добиралась до питательной среды. Откуда микроорганизмы-родители взялись в воздухе, Пастер не знал. Его опыты убедили не всех, и работы о самозарождении продолжали выходить. Г. Кларк утверждал, что самозарождение есть доказательство бытия Божия, Г. Чайлд издал две книги по самозарождению, Дарвин, прочтя их, писал Карусу 21 ноября 1866 года: «Я не верю в самозарождение, хотя ожидаю, что в будущем происхождение жизни будет объяснено, но сейчас, по-моему, этот вопрос выходит за рамки современной науки».