До Монтевидео погода была скверная, пугали грозы, но «Бигль» был оборудован громоотводами. 26 июля пошли вдоль берега, 2 августа пристали в гавани Буэнос-Айреса. Городские власти потребовали допустить чиновника для проверки корабля на холеру. Фицрой это расценил как «оскорбление, нанесенное Британии», в ответ на предупредительный выстрел приказал привести в боевую готовность пушки. «Стоит нам где-либо появиться, как сразу исчезают мир и тишина». Отношения Англии с Аргентиной, обретшей независимость в 1826 году, давно не клеились: британские войска безуспешно пытались захватить Буэнос-Айрес, когда он еще был испанским владением. «Бигль» пристал в Ла-Плате, 4 августа зашел в Монтевидео, уругвайские власти отнеслись к гостям лучше и попросили помощи. Уругвай был независим с 1825-го, с тех пор сменился ряд военных хунт, кризис не прекращался, а теперь произошел бунт в столице: чернокожие солдаты открыли тюрьму, захватили арсенал, шеф полиции молил англичан вмешаться. Фицрой спустил две лодки с полусотней вооруженных людей, сам сошел на берег, пытался разобраться что к чему, оставшиеся на «Бигле» готовились отражать нападение, но ничего не происходило. Молодые офицеры были разочарованы, Чарлз — вряд ли: опробовать пистолеты, конечно, хотелось, но ввязываться в распри «латинос»… «Не лучше ли деспотизм, чем такая анархия?» В ожидании боя прошло несколько дней, повстанцы не придумали, что делать, и разбежались. 13 августа Чарлзу разрешили сойти на берег. Настрелял птиц, Фицрой ругался: захламил корабль как сарай. 19-го отправил Генсло первую партию «хлама» и записи о нем.

В начале сентября Фицрой, Дарвин и проводник Харрис пошли берегом в форт Аргентина и едва не были расстреляны. В Аргентине шла вялотекущая гражданская война: унитаристы и федералисты не могли договориться о форме государственного устройства, индейцы, чьи земли заняли гаучо (испанские ковбои), нападали на тех и других, испанцы оборонялись. «Здесь все твердо убеждены, что это справедливая война, потому что она ведется против варваров». (В «Путешествии» Дарвин рассказал, как уничтожались индейцы, но жалости, как негры, они в нем не вызывали.) Застава, охранявшая форт, не поняла слово «натуралисты», а Харрис сказал, что это «люди, которые все знают» — шпионы! Кое-как объяснились, ночевали в форте. А 22 и 23 сентября на утесе Пунта-Альта близ залива Баия-Бланка обнаружили останки ископаемых животных.

В палеонтологии Чарлз не разбирался, но знал, что музеи набросятся на эти кости, стал собирать. Одна челюсть, зуб и пластины панциря лежали рядом и, похоже, принадлежали одному животному. Какому? Кювье, в 1796 году нашедший в Парагвае кости ископаемого ленивца, назвал его «мегатерий» («большой зверь») — так тогда звали всех крупных ископаемых без разбору. Кости «мегатерия», найденного Чарлзом, были перемешаны с раковинами современных моллюсков, значит, он жил одновременно с ними; если и был потоп, зверь, как и моллюски, его успешно пережил, либо и зверь, и моллюски были созданы уже после потопа. Но моллюски живут и теперь, а зверь вымер — почему? Кроме того, он удивительно напоминал броненосца, которого Чарлз видел воочию. (Это и был гигантский броненосец размером с носорога; пластины его панциря были намертво соединены, и бедняга не мог сворачиваться в клубок, как его потомок.) Часто пишут, что в Пунта-Альте Дарвин совершил открытие.