Чили стало независимо от Испании в 1810 году, благодаря рудникам было более развито, чем другие латиноамериканские государства. Все здесь было иное, даже гаучо. Чарлз бранил аргентинских гаучо, но после общения с ними сам вообразил себя романтическим ковбоем, и унылые чилийские ковбои ему не нравились: «Гаучо не настоящие; умеют ходить и карабкаться по скалам; не джентльмены; не имеют такого вида, будто родились в седле; едят хлеб и картошку». «Люди здесь другие; общественные различия, слуга не хотел есть вместе со мной; за все надо платить». Посещал медные и золотые рудники. «Мои исследования возбуждали удивление чилийцев; мне долго не удавалось убедить их, что я ищу не руду…

Я обнаружил, что легче всего объяснить им мое занятие, спрашивая, почему они сами не интересовались причиной землетрясений и извержений, или отчего одна весна жаркая, а другая холодная, или почему в Чили горы, а в провинциях Ла-Платы нет ни одного холма. Эти простые вопросы заставляли умолкнуть большую часть любопытных; но некоторые (как и кое-кто в Англии, кто отстал лет на сто) считали подобные изыскания бесполезными и нечестивыми, полагая достаточным объяснение, что так уж сотворено Господом».

Анды свидетельствовали, что континент поднимается, геолог торжествовал, зоолог скучал: фауна скудна. «Путевой дневник», 5 августа: «Недостаточное количество видов животных объясняется тем, что с тех пор, как эта страна поднялась из моря, ни одно животное не было здесь сотворено». 20 сентября Чарлз захворал, в деревне Навидад чуть отлежался, но 27-го вернулся к Корфилду совсем больным. Болезнь была непонятная, сам он винил молодое вино. Сейчас предполагают, что именно тогда его в первый раз укусило кровососущее насекомое бенчука, переносчик болезни Чагаса (Карлос Чагас — бразильский врач, в 1907 году открывший ее возбудителя — трипаносому). Попадая в кровь, трипаносома может довести до инвалидности: хроническая усталость, тошнота, желудочный дискомфорт, бессонница, озноб, нарушение сердечной деятельности.

Выздоровел он в конце октября и узнал, что Фицрой, получив депешу Адмиралтейства, гневавшегося за покупку «Эдвенчера», продал его, сдал командование Уикему и велел возвращаться в Англию. К Кэтрин, 8 ноября: «Даже смешно, какой переворот произошел за пять минут в моих чувствах! Меня огорчала бесконечная продолжительность путешествия… Но теперь я не мог бросить все и вернуться. Всю ночь я старался представить себе радость возвращения в Шрусбери, но бесплодные равнины Перу взяли верх…» Решил продолжать путешествие в одиночку: Кордильеры, Перу, потом на пассажирском судне вернуться в Англию. Однако Уикем уломал Фицроя взять обратно решение об отставке и возвращении, и 10 ноября «Бигль» пошел к архипелагу Чонос у западного берега Южной Америки. 21-го задержались у острова Чилоэ, пока корабль его огибал, Чарлз проскакал верхом по прямой и 30-го воссоединился с экспедицией. По пути заметил лису, швырнул в нее молоток и убил, хотя не намеревался, — стало стыдно и больше не охотился. Никогда.

Дневник: «Полное отсутствие индейцев на островах — загадка. Они явно жили здесь прежде; я не думаю, что они могли эмигрировать, да и зачем? Я должен заключить, что они вымерли…» «Бигль» посетил несколько островов, 18 декабря повернул на юг и 4 января 1835 года вошел в гавань Лоу, где росла необычная картошка, непохожая на европейскую: почему? В тот же день — обратно на Чилоэ, а на следующий произошло извержение вулкана Осорно, совпавшее с извержением Аконкагуа и Косегуины, почти никогда не «работавших», — что на них нашло? Фицрой делал съемки у западного берега Чилоэ, Чарлз съездил к восточному, на озере Кукао обнаружил, что индейцы все же есть (но тенденцию угадал: вскоре они вымерли).