У молодой жены причина огорчаться тоже была. Сказать ее вслух она не решилась, написала письмо: «Должна тебе сказать, что для тебя опасен отказ от Откровения, то есть я боюсь, что ты неблагодарно отвергнешь то, что сделано ради твоего блага и блага всего мира… Все, что касается тебя, касается меня, и я была бы очень несчастна, если бы думала, что мы принадлежим друг другу не навеки. Я не хочу, чтобы ты отвечал, — мне достаточно того, что я это написала, а когда я говорю с тобой, то не умею выразить мысли и знаю, что тебе нужно большое терпение для разговоров с твоей женой… Я так боюсь, что мой дорогой Ниггер подумает, будто я забыла обещание не докучать ему, но я уверена в его любви и не могу выразить, какое счастье он мне дарит и как горячо я его люблю, не уставая благодарить его за необыкновенную нежность, которая день ото дня дарит мне все больше счастья».

Муж на письмо не ответил, но написал на полях: «Когда меня уже не будет в живых, знай, что я много раз целовал это письмо и плакал над ним». Когда в 1855 году женился друг, Дарвин писал ему: «Надеюсь, женитьба не вызовет у Вас расположения к праздности… Боюсь, что счастье дурно отражается на работе». В 1862 году сказал: «Дети — величайшая в жизни радость, но часто — еще большее горе. Ученому их заводить нельзя, жену, может быть, тоже; тогда он не будет привязан ни к чему на свете и сможет работать как одержимый». Но он сам выбрал счастье, надо как-то совмещать. С 24 февраля возобновил записи в книжке «Е» — в основном о гибридах растений. Завел книжку «Вопросы и опыты», а «метафизическую» «М» сменила «N»: «Аргумент в пользу того, что животные мыслят, — у них есть память… собака видит сны… Обстоятельства, наделившие пчел инстинктом, не менее замечательны, чем человек с его разумом».

Перечел Ламарка, отметил в «Старых и бесполезных мыслях»: «Что такое "стремление к совершенствованию" и каким законам подчиняется? — непонятно». Там же: «Христианин имеет огромное превосходство над язычником — большого изменения в уме не могло бы произойти, не изменив тело, а поскольку все люди примерно одинаковы, то и инстинкты у них общие… Инстинкт — приобретенная память… Когда мы превратимся в ангелов, наша несовершенная память может стать совершенной и мы сумеем вернуться к себе такими, какими мы были, такая память может быть и у животных, которые превратились в людей… Мысль субъективна, мозг объективен…» — пытался размышлять на эту тему, но не хватило знания физиологии, бросил. Прочел философа Д. Макинтоша, сравнивавшего Аристотеля и Гоббса (их самих читать поленился): Гоббс утверждал, что человек по природе асоциальное существо, Аристотель говорил, что социальность мы унаследовали от предков. Записал: «Есть инстинкты низшие, как голод, и высшие, как общежительность, — выбираем между ними». Как мы знаем, что хорошо и что дурно? Сперва делали осознанный выбор, потом он стал привычкой. Рассуждал о воспитании детей: надо прививать им правильные инстинкты. «Только те инстинкты, которые были зачем-то полезны, могли развиться в веках, а значит, все, какие есть, полезны?»

И тут он неожиданно получил болезненный щелчок: Агассиз и другой геолог, Бекленд, доказывали, что гленройские «ступеньки» действительно представляют собой берега древних водоемов, но не морей, а озер, образовавшихся в ледниковый период. Лайель с его полным отсутствием себялюбия уже согласился с Агассизом, но Чарлз упрямился. Какая, собственно, разница, море или озеро? Для Дарвина — большая: он не хотел верить, что был какой-то там ледниковый период (а если и был, то маленький-премаленький). Эта штука для него была вроде Всемирного потопа, ведь она погубила бы всю жизнь на Земле (так утверждал Агассиз), а откуда же тогда взялась новая жизнь? Написал сердитую заметку и возвратился к своим размышлениям.