В октябре 1844 года наделала шуму книга «Следы естественной истории творения»: ее читали все, от королевы Англии до президента США. То был рассказ об истории Земли от формирования Солнечной системы до истоков человечества. Анонимный автор писал, что животные постепенно эволюционировали, породив в том числе людей, происходило это согласно законам, которые провозгласил Бог, он же дал «первотолчок». Исследовать эти законы автор не намеревался. В «Следах» было много вздора: если пропустить электрический ток через марганцовку, можно создать насекомых, и тому подобное. Ругались все: теологи обвиняли автора в ереси, ученые — в ереси и невежестве. Физик Д. Брюстер сказал, что книга подрывает основы науки и религии, Седжвик — что она разрушит общество. Томас Хаксли, будущий «бульдог Дарвина», написал ядовитую рецензию: автор «черпал научные сведения из вторых рук и не в ладах с логикой». Хвалили мало: физиолог Уильям Карпентер назвал книгу «прекрасной», Гукер писал Дарвину в декабре 1844 года, что автор «забавный парень» и работа «восхищает», хотя в ней полно грубых ошибок. Автор конспирировался: рукопись и правку издатель получал через посредников. Седжвик заявил, что только безмозглая баба могла сочинить такое, но большинство подозревало какого-нибудь натуралиста «из молодых». Дарвин, прочтя «Следы» в январе 1845 года, писал Гукеру, что изложение превосходно, содержание скверно, геология и зоология из рук вон, а Фоксу сказал, что авторство кое-кто приписывает ему и это «лестно и нелестно».

Через несколько месяцев ученые круги начали догадываться, кто автор (догадка официально подтвердилась в 1884 году). «Следы» написал успешный издатель Роберт Чемберс, прятался он потому, что не хотел вредить бизнесу. Дарвин был с ним немного знаком: обменивался мнениями о ледниках. Узнал его тайну (осенью 1845-го писал Гукеру, что Чемберс и Ламарк «повредили ему своим вздором»), но виду никогда не подал. Спустя год после знакомства с книгой он написал Лайелю, что, читая разгромный отзыв Седжвика, все ругательства «примерял к себе, хотя они ко мне относились как вода к молоку». Испугался, да. Но ведь он сообщил Дженинсу о нежелании публиковаться задолго до того, как прочел «Следы» и их критику.

Может, его расхолаживало отношение друзей? Лайель, Генсло, Гукер были убеждены в неизменности видов, не обратили на его намеки внимания и не просили показать, что он там написал. Но все же он отказался от публикации не из-за страха, а по простой причине: работа не готова, еще пахать и пахать. Осенью 1844 года, еще до прочтения «Следов», он писал Дженинсу о своем труде как о «предполагаемом в далеком будущем»: «Я очень много беру на себя, ибо, по всей вероятности, меня сочтут глупцом, и притом весьма самоуверенным… Пожалуйста, не думайте, будто я так слеп, что не вижу огромных пробелов в моих рассуждениях…» Тогда же, Гукеру: «Нужно было совсем рехнуться, чтобы написать это, ибо у меня нет никаких доказательств, разве только нашелся бы человек, готовый согласиться со всеми моими взглядами…»

Летом 1845 года Эмма должна была родить пятого ребенка, семье требовалось все больше средств; в марте Чарлз по совету отца и на его деньги (12 тысяч 500 фунтов) купил землю в Линкольншире (ферма Бризбери).