При этом он не терял интереса к другим наукам: значительная часть переписки конца 1840-х посвящена геологии, ботанике и всему на свете. В январе 1847-го Гукер гостил в Дауни, хозяин дал ему прочесть очерк о происхождении видов (вариант 1844 года), друг сказал, что это неубедительно и он продолжает верить, что Творец приспособил каждую тварь к ее месту; правда, он готов допустить, что было несколько «центров творения» и созданные в определенном регионе существа, если их передвинуть, могут слегка измениться. (Скоро Гукер займется озеленением острова Вознесения и еще при жизни узнает, что сыграл роль Бога, сотворив на пустом месте джунгли.) Агассиз тем временем окончательно убедил всех, что «ступеньки» Глен-Роя сделало не море, а ледник. Это был самый серьезный щелчок по самолюбию, какой Чарлз получил за всю жизнь.

В начале марта он побывал в Шрусбери, в апреле свалился с болями и рвотой, к лету оправился, 22 июня уехал в Оксфорд на заседание БАРН. Посетил геологическую секцию: там Чемберс делал доклад и его жестоко высмеяли, а в церкви (БАРН в полном составе посещала службы) епископ Оксфордский Сэмюэл Уилберфорс порицал «греховные искушения», коими руководствуются «лжеученые». Уилберфорс был четырьмя годами старше Дарвина, учился в Оксфорде, делал блестящую карьеру, в 1845-м стал деканом Вестминстерским. Считался знатоком естественных наук, хотя изучал только математику. Принадлежал к высокой церкви, ругал не только унитарианцев, но и «низкую» ветвь англиканства, придерживался ультраконсервативных взглядов. Его манеру дискутировать называли иезуитской, враги звали его «скользкий Сэм». Это был опасный противник.

Четвертая дочь Дарвинов, Элизабет (Бесси), родилась 8 июля 1847 года. В том же месяце по просьбе преподобного Иннеса Чарлз взял на себя заботу о финансах Угольного клуба — работа небольшая, но требовавшая скрупулезности, к которой он добавил толику предприимчивости: до сих пор деньги у казначея просто лежали, а он стал их инвестировать. В августе сестры сообщили, что тяжело болен отец; ездил к нему, был выбит из колеи и сам расхворался. В сентябре геолог Д. Милн в журнале «Шотландец» подтверждал правоту Агассиза насчет ледников, Дарвин был единственным, кто упорствовал; он консультировался с Лайелем, Чемберсом, написал статью против Милна, но редактор «Шотландца» сказал, что она заумная, и печатать отказался. С бегающими валунами тоже была проблема: Уильям Хопкинс раскритиковал идею Лайеля и Дарвина о том, что камни переносятся айсбергами. Вышли в свет «Геологические наблюдения» — и их обругали: Дарвин высказал гипотезу, что «складки», образуемые горными породами, и расщепление этих пород на пластины — стадии одного процесса, сейчас это общепризнано, тогда не верил даже Лайель, правда, поверил швейцарец Бернард Штудер, и благодарный автор пригласил его в гости. Фальконер готовил пособие по систематике, просил помочь, это отняло массу времени. 22 октября Роберту Дарвину опять стало плохо, сын провел у него две недели, обошлось, вернувшись домой, получил письмо от Джона Грея, хранителя зоологического отдела Британского музея, — тот умолял написать книгу не об одном оранжевом усоногом, а о всех, живущих и вымерших.

Это был гигантский труд — у среднего ученого такой занимает всю жизнь.