Этот шаг Екатерина не могла воспринять иначе как издевательство. Посетив Первопрестольную на обратном пути из Крыма, она имела беседы с московским духовенством и обратила внимание на то, что множество книг религиозного содержания печатались в светских типографиях, нарушая установленную законом монополию Святейшего синода. На этом Синод терял немалую прибыль, а издательство Новикова, напротив, богатело, пуская в оборот деньги состоятельных «братьев» и возвращая ордену займы сторицей. Финансовую заинтересованность розенкрейцеров в процветании печатной деятельности Новикова нельзя скидывать со счетов, говоря о длительной неуязвимости издателя.

Обычно, когда возникали конфликтные ситуации между властями и московской университетской типографией, Екатерина действовала мягче, чем требовал закон, отделяя собственно масонские труды от остального потока. Однако на этот раз ее терпение истощилось. В июле 1787 года она приказала составить список духовных текстов, выпущенных частными издательствами, и запретила публикацию церковных книг и богословских трудов в обход Святейшего синода и Комиссии народных училищ. Нет оснований считать это личным выпадом против Новикова, поскольку права печатать религиозную литературу также лишились типографии Академии наук, Кадетского корпуса и Сената. То была общая правительственная политика: прибыльную и духовно безопасную монополию получил Синод.

Цензоры предоставили императрице список из 313 наименований, больше половины вошедших в него книг оказались напечатаны у Новикова. 299 изданий Екатерина распорядилась вернуть в лавки, 14 как масонские изъяли из оборота, почти все они принадлежали Новикову. Среди них имелись тексты, запрещавшиеся вторично, например «Новая Киропедия» А. М. Рамсэя. Обнаружив в книгах «выражения, противные Священному Писанию и низкие по отношению к Божеству», государыня назвала Новикова фанатиком. Срок аренды университетской типографии истекал в 1789 году. Решено было его не продлевать.

Напомним, все это происходило одновременно с охлаждением отношений Николая Ивановича с орденом. Благодаря интригам Шрёдера новое берлинское начальство фактически игнорировало издателя. Руководитель немецких «братьев» Й. К. фон Вёльнер с 1786 года занимал министерское кресло в правительстве Фридриха Вильгельма II и предпочитал поддерживать переписку с русскими адептами через Николая Трубецкого, а не через провинившегося Новикова. Помимо нелюбви издателя к мистике тому имелись и чисто финансовые причины. После конфискации запрещенных книг у Николая Ивановича начались денежные трудности. Поскольку ранее розенкрейцеры вложили немало средств в Типографическую компанию, теперь они ждали прибыли. Но ее не было. Барон Шрёдер, чувствуя, что из Петербурга потянуло холодом, отправился на время в Пруссию, откуда предпочел не возвращаться. Он обещал привезти помощь из Берлина, но вместо этого потребовал вернуть прежние кредиты.

Осенью 1787 года Новиков фактически бежал из Москвы от долгов и отправился в родовое имение Авдотьино, где посвятил себя новому делу — борьбе с охватившими губернию засухой и голодом. «Всякий, у кого есть дети, не может равнодушно отнестись к известию о том, что огромное число несчастных малюток умирает на груди своих матерей, — писал он. — Я видел исхудалые бледные личики, воспаленные глаза, полные слез и мольбы о помощи, тонкие, высохшие ручонки, протянутые к каждому встречному с просьбой о корке черствого хлеба… Целые тысячи людей едят древесную кору, умирают от истощения. Если бы кто поехал сейчас в глухую деревню в нищенскую хату, у него сердце содрогнулось бы при виде целых куч полуживых крестьян, голодных и холодных.