Апраксин дал русским войскам приказ отступать из Пруссии. Однако, вопреки ожиданиям, Елизавета оправилась от припадка. Внезапная ретирада ее армии вызвала у императрицы подозрения. Командующий был отозван и в январе 1758 года допрошен начальником Тайной канцелярии А. И. Шуваловым. Среди прочих ему были заданы вопросы о его связях с Бестужевым и переписке с великой княгиней Екатериной. 14 февраля 1758 года Бестужев был арестован на заседании Конференции при высочайшем дворе. К счастью для себя, он успел уничтожить все бумаги и до конца отрицал существование у него каких-либо планов на случай кончины государыни. По словам Екатерины, «императрице представили, что слава ее страдает от влияния Бестужева. Она приказала собрать в тот же вечер конференцию и призвать туда великого канцлера». Чуя неладное, Алексей Петрович сказался больным. «Тогда назвали эту болезнь неповиновением и послали сказать, чтобы он пришел без промедления. Он пришел, и его арестовали в полном собрании конференции, сложили с него все должности, лишили всех чинов и орденов, между тем как ни единая душа не могла обстоятельно изложить, за какие преступления или злодеяния так всего лишили первое лицо в империи».

В сущности, никаких улик против канцлера не имелось. Добыть их рассчитывали, захватив его бумаги и хорошенько допросив самого. «Предупрежденный о приближающейся буре, Бестужев просмотрел свои бумаги, сжег все, что считал нужным, и был уверен в собственной неуязвимости, — писал хорошо осведомленный о подробностях Понятовский. — …Он не выказал ни страха, ни гнева, и на протяжении нескольких недель казался не только спокойным, но почти веселым — все его речи, его поведение свидетельствовали об этом; он даже угрожал своим врагам отомстить им в будущем».

Именно Станислав Понятовский сообщил Екатерине страшную новость: «Человек никогда не остается без помощи… Вчера вечером граф Бестужев был арестован и лишен чинов и должностей, и с ним вместе арестованы ваш ювелир Бернарди, Елагин и Ададуров». Перечисленные лица входили в близкое окружение великой княгини. Через Бернарди Екатерина передавала записки канцлеру и Понятовскому. Ададуров был ее старым учителем русского языка и сохранил с ученицей самые теплые отношения. Елагин — адъютант Алексея Разумовского, также преданный Екатерине.

Имена пострадавших дали нашей героине понять, что вокруг нее затягивается петля. «Я так и остолбенела, читая эти строки, — признавалась она, — и прочтя их, сказала себе, что нельзя обманывать себя тем, будто это дело не касается меня ближе, чем кажется». Ей было чего бояться. Да, Бестужев уничтожил все компрометирующие бумаги. Однако сам Алексей Петрович или кто-то из его приближенных, взятых по делу, могли не выдержать давления и сообщить роковые для великой княгини сведения. Из тех вопросов, которые задавались канцлеру на следствии, хорошо видно, что Елизавету более всего интересовала роль невестки. Создается впечатление, что дело Апраксина, быстро перетекшее в дело Бестужева, должно было превратиться в дело Екатерины.

27 февраля Алексею Петровичу было сказано, что императрица очень недовольна его прежними ответами и видит в них запирательство. Если он продолжит в том же духе, его направят в крепость и поступят «как с крайним злодеем». Это был прозрачный намек на пытку. Но Бестужева не удалось запугать. «Говорят, что Бестужев весьма мужественно переносит свое несчастье, — доносил в Лондон 30 марта новый английский посол Роберт Кейт, — и не дает никакого повода представить недоброжелателям своим какие-либо против него свидетельства».