Теперь каждый шаг государя в духовной сфере воспринимался как заведомое зло. Если 9 марта Кейт сообщал вполне нейтральные сведения: «Император присоединил к коронным землям монастырские владения, а взамен назначил для архиепископов и игуменов определенное жалование с присовокуплением денег на содержание монахов», — то к началу мая британскому послу пришлось признать, что Петр возбудил «превеликое неудовольствие по всей империи». А 7 июня он уточнял: «Жалобы по поводу объединения коронных и монастырских земель всё усиливаются, особливо после того, как император повелел брать в военную службу сыновей священников. Все духовенство, и белое, и монахи, единодушны в своем недовольстве».

Не было ни одного слоя в духовенстве, который новый государь не обидел бы чем-нибудь. У крупных иерархов забрали земли, сельские батюшки испугались солдатчины для детей, столичным священникам запретили устраивать домовые церкви в богатых усадьбах, чем лишили серьезного дохода. А ведь все эти люди имели возможность возмущать прихожан на проповедях.

Рюльер отлично разобрался в ситуации: «Петр III приближал свое падение поступками, в основании своем добрыми; они были гибельны для него по его безвременной торопливости и впоследствии совершены с успехом и славою его супругою… Небесполезно было для блага государства отнять у духовенства несметные богатства, и Екатерина, по смерти его, привлекши на свою сторону некоторых главнейших [иерархов] и одарив их особенными пансионами… без труда осуществила сию опасную реформу. Но Петр III своенравием чистого деспотизма, приказав сие исполнить, возмутил суеверный народ и духовенство… Оно возбуждало их (прихожан. — О. Е.) к мятежу и льстило их молитвами и отпущением грехов».

И. де Мадариага справедливо замечает, что молодой император, будто нарочно, стремился отвратить от себя целые влиятельные социальные группы. Мемуары Болотова показывают, что в обществе намерения Петра воспринимались однозначно как желание заменить православие лютеранством: «Он вознамерился было переменить совершенно религию нашу, к которой оказывал особенное презрение. Он призвал первоприсутствующего [Святейшего синода] архиерея новгородского Дмитрия Сеченова и приказал ему, чтобы в церквях оставлены были иконы только Спасителя и Богородицы, а других бы не было, также, чтоб священники обрили бороды и носили платье, как иностранные пасторы. Нельзя изобразить, как изумился этому приказанию архиепископ Дмитрий… и, усматривая ясно, что государь имел намерение переменить православие на лютеранство, он принужден был объявить волю государеву знатнейшему духовенству, и хотя дело на этом до времени остановилось, однако произвело во всем духовенстве сильное неудовольствие, содействовавшее потом очень много перевороту».

Об этом приказе сообщил в Версаль в шифрованном донесении 28 мая Бретейль. Архиепископ осудил намерения царя, ему пригрозили ссылкой в Сибирь и даже удалили на время из столицы, но вскоре вновь вернули, чтобы не вызвать волнений в народе. Любопытно, что все эти меры Штелин назвал «веротерпимостью».

Однако не стоит думать, что все шаги Петра в духовной сфере клонились к оскорблению православных. Напротив, начал он действительно с просвещенческих мер веротерпимости: 7 февраля, еще до секуляризации, последовал сенатский же указ «О защите раскольников от чинимых им обид и притеснений». Штрафы, взимаемые со старообрядцев, снизились, им стало гораздо легче возвращаться в Россию. Этот акт предварял екатерининскую политику в данной сфере.

Из записей Штелина видно, что император часто присутствовал на богослужениях в католических и лютеранских храмах. Были выделены средства на строительство кирхи.