После установления власти Рима в Александрии появились римские божества, а также романизированные варианты греческих богов. Кроме того, существовал и официальный культ самозваного бога, то есть римского императора. Большим влиянием пользовался культ богини восточного Средиземноморья Кибелы, жрецов которой, подвергавших себя добровольной кастрации, можно было в изобилии встретить на улицах Александрии. Распространен в городе был также культ Ахура-Мазда, центральной фигуры персидского зороастризма. В городе было множество учителей, толкователей и последователей так называемой «гимнософии» – индуизма, буддизма и родственных им философских концепций, а также многочисленных школ йоги, привезенных из Индии. И, как уже отмечалось выше, второй по значимости после греков национальной общиной была иудейская.

К середине первого века нашей эры в Александрии стала все шире распространяться новая вера, которая впоследствии получила название христианской. Чтобы выжить и сохранить себя в водовороте бесчисленных религий и традиций города, ей нужно было приспособиться. Она должна была отбросить некоторые сугубо мессианские и иудаистские аспекты, характерные для Палестины. Новая вера должна была стать более доступной, чтобы передать послания апостола Павла необразованной в большинстве своем пастве. По словам одного из комментаторов, «если христианство претендовало на то, чтобы стать для необразованных людей больше чем религией, ему нужно было найти общий язык с греческой философией и греческой наукой». В результате христианство в Александрии стало развиваться в совершенно ином направлении. Под руководством сначала епископа Климента, а затем его преемника Оригена христианские теологи начали знакомиться с греческой философией – например, с учениями стоиков, Аристотеля и Платона. Вооружившись знаниями, они начали вести «диалог с язычеством», и этот диалог постепенно превращался в «диалог равных». У последователей двух философий оказалось много общего. Так, например, Ориген, считающийся одним из влиятельнейших отцов церкви, учился у того же александрийского мудреца, что и Плотин, основатель школы языческой философии, которая известна как неоплатонизм. Христианское понятие логоса было позаимствовано из толкований эллинизировавшегося иудея Филона.

Современный человек привык проводить границу между теологией и философией. Теология рассматривается как интеллектуальная формуляция, или рационализация, веры, как кредо, как система убеждений, касающихся божественного или непостижимого. В этом отношении теология считается попыткой описания божественного. Философия же, наоборот, воспринимается как нечто более «мирское» в традиционном понимании этого слова. Философия может быть абсолютно светской. Одновременно она может быть такой же метафизической, как любая теология, однако даже в этом случае в ней обязательно присутствие божественного. В большинстве религий теология считается божественной по своему происхождению. Философия же принадлежит человеку.

В Александрии на протяжении первых нескольких веков христианской эры – как, впрочем, и в течение двух последующих тысячелетий – такого разделения не существовало. Теология и философия были в той или иной степени взаимозаменяемы – или перекрывались до такой степени, что линии раздела между ними становились практически неразличимыми. По этой причине интеллектуальный климат Александрии формировался не только многочисленными религиями и культами, а также их теологическими концепциями, но и тем, что мы сегодня называем философскими системами.