В том же году, когда Казобон опубликовал свою иконоборческую работу, в Германии появился первый из целого ряда знаменитых анонимных памфлетов, возвещавших о существовании и неизбежном саморазоблачении неуловимых розенкрейцеров, или Братства Розового Креста. Второй памфлет появился год спустя. В этих документах герметизм приобретал конкретную религиозно-политическую направленность, призывая к свержению тирании церкви и к установлению нового мирового порядка. По всей Европе, и особенно по католическим странам, прокатилась волна истерической паранойи.

Во время путешествия по континентальной Европе, и особенно по Германии, Фладд встречался со многими людьми, которых впоследствии связывали с так называемым движением розенкрейцеров. Возможно, он даже был знаком с автором или авторами анонимных памфлетов и мог догадываться об их авторстве. Если это действительно так, то он никому не выдал тайны. Вместо этого он сам сел сочинять и в 1616 году издал собственный труд в защиту розенкрейцерства, названный «Apologia compendiaria» и представленный как «Краткая апология, смывающая пятно подозрения и бесчестия с Братства Розового Креста». В этой апологии, а также в ее расширенной версии, изданной год спустя, Фладд превозносил древнюю мудрость Гермеса Трижды Величайшего и хвалил розенкрейцеров за их «достойное восхищения знание божественных и природных тайн».

Кроме того, он опубликовал личное письмо к «Братству Розового Креста», заявляя, что «желал бы сделать все, что в его силах, для вашего ордена» и предлагал им установить с ним контакт. Нет никаких указаний на то, получил ли он ответ на свое письмо. С учетом всего этого не стоит удивляться, что самого Фладда вскоре стали считать розенкрейцером – и эта точка зрения сохранилась до нашего времени. Такое восприятие личности Фладда усиливалось его сотрудничеством с другими близкими к розенкрейцерам людьми, например, с алхимиком и философом-герметиком Михаэлем Майером, который служил лекарем сначала у императора Священной Римской империи Рудольфа II, а затем у курфюрста Пфальцского Фридриха – монарха, открыто принимавшего идеи розенкрейцеров. Фладд и Майер печатались у одного издателя, де Брая из Оппенгейма. В 1611 году Фладд послал поздравительную карточку с явно розенкрейцеровской символикой Якову I.

Основным трудом Фладда считается многотомное произведение «Ultriusque cosmi historia» («История макрокосма и микрокосма»). Первый том, опубликованный в 1617 году, был посвящен королю Якову I и сразу же попал в список книг, запрещенных инквизицией. В этом энциклопедическом труде, как и в остальных своих произведениях, Фладд подражал Джону Ди. Подобно розенкрейцерам, он пытался соединить весь спектр эзотерических учений в логически последовательное целое, объединяющее алхимию, астрологию, Каббалу, нумерологию, божественную геометрию и многое другое, в некое всеохватывающее единство. Он также проводил опыты с магнетизмом и вместе с Парацельсом проложил дорогу Месмеру и основателям современной психологии.

Подобно Ди и другим магам эпохи Возрождения, Фладд особенно интересовался применением герметизма к архитектуре. Однако для Фладда наивысшим проявлением герметического талисмана в архитектуре, похоже, являлся театр. Другими словами, театр ему заменял храм и другие подобные сооружения, чья магическая структура была спроектирована для того, чтобы притягивать энергию космоса. Внутри микрокосма театра воплощался и отражался макрокосм, а разыгрываемая в театре пьеса становилась микрокосмом для макрокосма человеческой жизни и событий, которые она отображала. Таким образом, театр для Фладда превращался в «мировой театр», и самой подходящей формой для него он считал форму шара.

Если интерпретация Фрэнсис Йейтс точна, то в работах Фладда содержатся архитектурные проекты для театра «Глобус», в котором были поставлены многие пьесы Шекспира.