Студентов арестовывали и запирали в Манеж, набитый полицией, конными жандармами и лошадиным навозом. В сумятице, хаосе, беспорядке в Манеж приводили сотни арестованных студентов, курсисток и случайных прохожих. Все пели песни и проводили сходки в густом ржании лошадей, заслуженно хамили неразумно и неумело действовавшей полиции, растерявшейся и метавшейся по Манежу, среди навоза, между студентами, случайными прохожими и проститутками, заодно задержанных на улицах. Подобный хаос творился на московских улицах, и обо всем этом на следующий день писали все московские новости и имперские газеты, особенно об обер-полицмейстере Дмитрии Трепове, оравшем на полицейских, которые не понимали, что он от них хочет.

Утром задержанных увезли на несколько дней в Бутырскую тюрьму, а затем выслали из Москвы, кто куда захотел, в Рязань и Тулу.

В Петербурге студенты дрались с полицией палками и железными цепями, рабочие стреляли из револьверов. Казаки и конные жандармы рубили шашками и били нагайками. За демонстрантов попытался заступиться боевой генерал и член Государственного совета князь П. Вяземский и тут же получил выговор от Николая II. Пули выбили окна в кабинете обер-прокурора Синода Победоносцева, а над демонстрацией реял флаг «За политическую свободу». Беспорядки и волнения проходили во многих имперских городах. Кабинет Министров приостановил действие «Временных правил о студентах-солдатах», уже в марте 1901 года. Сановники, наверное, услышали новый революционный лозунг: «Каждому министру – по Карповичу». Самого убийцу Боголепова казнить побоялись. В декабре 1901 года были опубликованы написанные в спешном порядке «Временные правила о студенческих учреждениях», как всегда половинчатые и поэтому невыполняемые. Самодержавие, как всегда, действовало неумно и поздно, в 1902 году студенческое движение приняло официально признанный политический и ярко выраженный политический характер.

В начале 1902 года прошел Первый всероссийский студенческий съезд и призвал всех сторонников «подвести итог академической борьбе и перейти к открытой политической революционной борьбе». В выпущенном и распространенном по империи манифесте съезд заявил: «Студенческое движение есть движение политическое и своими корнями лежит глубоко в современном общественном строе России. Борьба за студенческие права неизбежно является борьбой против правительства». В университетах создавались комитеты, занявшиеся пропагандой социалистических идей. Способами борьбы студенты объявили обструкции, забастовки и демонстрации, которые должны закончиться завоеванием политической свободы.

После съезда Московский университет провел в январе 1902 года большое собрание в актовом зале. Из окна студенты выдвинули красный флаг и приняли политическую резолюцию, разбрасывали листовки. Трепов окружил университет войсками. В полночь, после безуспешных требований полиции к студентам разойтись, жандармы выломали двери, арестовали тысячу человек и между рядами полицейских отвели их в Манеж, отделив мужчин от женщин, считая, что без женщин, мужчины менее агрессивны. Студентов переписали и отправили в Бутырскую тюрьму, где они отказались даже разговаривать с администрацией, сожгли матрасы и подушки, выставив их в окна Бутырки, и об этом опять говорила вся империя.

Предвзятое следствие многих исключенных студентов надолго сослали без суда в Сибирь, выселили из Москвы в другие города. Все общество в один голос говорило, что наказание не соответствовало вине, следствие проведено наспех и без улик.