Первый и единственный съезд анархо-коммунистов, на котором было представлено пятнадцать губерний, прошел в Москве 25 декабря 1918 года. К тому времени анархисты уже открыто боролись с большевиками, многие из них переходили на сторону Советской власти и вступали в коммунистическую партию.

Весной 1918 года большевики выбили из московских и петербургских особняков анархистов, совершавших налеты и экспроприации. Их репутации сильно повредило то, что к анархистам приставали уголовники и бродяги. Газета «Анархия» пыталась защитить свое движение: «Нашим именем совершаются гнусности, подлости, низости, убийства, грабежи и злоупотребления принимают устрашающие размеры. Явно чувствуется «белая ручка». Это систематизированная гнусная и темная работа белой гвардии. Среди грабителей огромный процент бывших кадровых офицеров и людей с высшим образованием». Впоследствии это в своих мемуарах подтвердили и бывшие белогвардейцы. Эмма Гольдман писала в своей работе «Анархизм», вышедшей в Петербурге в 1921 году: «Распространившаяся в обществе умственная лень подтверждает, что осуждать проще, чем думать. Анархизм заставляет человека думать, расследовать и анализировать. Все формы правления основываются на насилии и поэтому являются ложными, вредными и ненужными. Государство имеет в виду внушить своему народу только те качества, при которых его приказания будут исполняться и его казна будет пополняться. Государство требует часовой бездушной машины, платящей налоги, работающей без перебоя, казны, в которой никогда не бывает дефицита, и народа послушного, бесцветного, бездушного, идущего как стадо овец, вдоль прямой дороги между двух стен. Анархизм стоит за мятеж и восстание во всякой форме против всего, что мешает человеческому прогрессу».

Эсеры исследовали феномен анархизма и известный социалист-революционер Алексей Боровой писал в 1920 году: «Анархизм верит в непрерывность мирового развития, не останавливающий рост человеческой природы и ее возможностей. Наши потребности чудесно растут, человек становится полем для всевозможных открытий, он поистине неисчерпаем. Прав был Гетте, говоря, что земной жизни не довольно, чтобы достигнуть совершенства. Анархизм борется с культурой за культуру».

В ноябре 1918 года на конференции в Курске часть анархистов создала группу «Набат» и уехали на Украину, где проповедовали безгосударственность и борьбу против большевиков. Во главе со знаменитым батькой-атаманом Нестором Махно анархисты попытались на юге Украины образовать свое государство. С концом Махновщины в 1921 году закончилась мечта анархистов о создании в России безвластного общества.

В Москве последний анархический террористический акт прогремел в декабре 1919 года. Ушедшие в подполье анархисты, в отместку за расстрел парламентеров-анархистов руководителем большевистской армии Л. Троцким в начале осени 1919 года, решили взорвать ленинское руководство. 25 сентября большое совещание проводил Московский комитет партии большевиков. На него были приглашены видные ленинцы Бухарин, Коллонтай, Ногин, Арманд, Каменев, Крестинский, Смидович и по семь партийцев от каждого района Москвы. Лидеры большевиков были случайно отвлечены на другое собрание, и это спасло им жизнь.

В бывшем графском доме 18 по Леонтьевскому переулку на совещание собралось более ста коммунистов. Было очень душно и в зале открыли окно. Через несколько минут в окно влетела пятнадцатикилограммовая анархистская бомба. Погибло пятнадцать ленинцев во главе с секретарем Московского комитета партии большевиков В. Загорским, и было ранено 55 человек, включая Бухарина и Ярославского.

Расследование быстро и эффективно провел лично председатель Всероссийской Чрезвычайной Комиссии Феликс Дзержинский. Он уничтожил анархистов-подпольщиков и расстрелял их видных лидеров. Газета «Анархия» на следующее утро после взрыва в Леонтьевском переулке писала: «Для экономии революционной энергии сейчас возможна лишь борьба динамитом.