После того как все рассаживались по местам, главный цензор, не глядя в сторону преступника, начинал чтение приговора, стараясь делать это ровным голосом, дабы придать спокойствие и твердость присутствующим. Осужденному было разрешено сказать главному свидетелю то, что он хочет, однако, если его речь была сбивчива и несвязна, цензор клана (главный свидетель) делал знак прислужникам, и те уводили приговоренного. В случае, если осужденный просил письменные принадлежности, чтобы изложить свою последнюю волю, приближенные дайме должны были ему отказать, так как это запрещалось законом. Затем главный цензор покидал место совершения сэппуку, и сразу же после прочтения приговора он должен был приводиться в исполнение, чтобы мужество не изменило со временем осужденному.

Прислужники во время чтения приговора сидели справа и слева от осужденного. В их обязанности входило не только всячески помогать приговоренному к харакири самураю, но и убить его (отрубить голову или заколоть) при попытке к бегству кинжалами, которые прислужники прятали у себя за пазухой.

Осужденный входил в загороженное пространство (если харакири совершалось в саду) через северный вход и занимал свое место для исполнения сэппуку, садясь лицом к северу. Возможно было и обращение лицом к западу с соответствующим оформлением места исполнения сэппуку. Кайсяку со своими помощниками входил через южные ворота, становился слева сзади, спускал с правого плеча свои церемониальные одежды, обнажал меч и клал ножны от него сбоку, делая все так, чтобы этого не видел приговоренный.

Другой ассистент в это время преподносил осужденному на подносе кинжал, а прислуживающие самураи помогали сбросить одежду и обнажить верхнюю часть тела. Совершающий харакири брал предложенное ему оружие и делал один (или более, в зависимости от разновидности способа) прорез в брюшной полости, стараясь перерезать мышцы и кишки по всей ее длине. Производить эту операцию следовало без поспешности, уверенно и с достоинством.

Кайсяку внимательно должен был наблюдать за происходящим сэппуку и вовремя нанести окончательный удар умирающему. В зависимости от договоренности и условий совершения харакири выделялось несколько моментов для отсечения головы: когда ассистент отходит, поставив поднос с кинжалом перед буси; когда осужденный протянет руку для того, чтобы взять поднос (или, согласно ритуалу, поднимает поднос ко лбу); когда самурай, взяв кинжал, смотрит на левую сторону живота; когда осужденный наносит себе удар кинжалом (или делает прорез живота). В некоторых случаях кайсяку ждал момента потери сознания и только тогда отрубал осужденному голову. Особо важным было для кайсяку не упустить нужный момент для отделения головы от туловища, так как очень трудно обезглавить человека, потерявшего способность владеть собой. В этом и заключалось искусство кайсяку. Воистину, как писал Иосиф Бродский:

При совершении обряда харакири особое внимание обращалось на эстетическую сторону дела. Кайсяку, например, рекомендовалось нанести умирающему такой удар, при котором отделившаяся сразу от туловища голова все-таки повисала бы на коже шеи, так как считалось некрасивым, если она покатится по полу.

В случае, когда помощник не сумел отрубить голову одним ударом и осужденный делал попытку встать, прислужники самурая обязаны были добить его.

Когда голова была отрублена, кайсяку отходил от трупа, держа меч острием вниз, вставал на колени и протирал лезвие белой бумагой. Если у кайсяку не было других помощников, он сам брал отрубленную голову за пучок волос (магэ) и, держа меч за лезвие, поддерживая рукояткой подбородок головы осужденного, показывал профиль свидетелю (слева и справа). В случае, если голова была лысая, положено было проткнуть левое ухо кодзукой (вспомогательным ножом, имеющимся при ножнах меча) и таким образом отнести ее для освидетельствования.