При нем подписали Бахчисарайский мир, согласно которому граница между Турцией и Россией устанавливалась по Днепру, султан и крымский хан обязались не помогать врагам России, Россия присоединяла левобережные земли Днепра и Киев с округой. Для того чтобы «достойно выступить» в войне, пришлось срочно переоснастить армию, построить на воронежских верфях флотилию галер, которые позже действовали у Крымского побережья, и провести налоговую реформу, причем, увеличив сборы с церковных имений, царь изыскал возможность сократить налоги и стимулировать тем самым производство. А для налоговой реформы понадобилось повести перепись населения, что и было сделано. Для борьбы с кочевниками начали масштабное строительство оборонительных сооружений по краю Дикого поля.

Он же отменил жестокий старый закон, по которому попавшимся во второй раз ворам отрубали руки, и велел вместо этого ссылать преступников в Сибирь, «на пашню», и первым начал строить государственные богадельни, где инвалиды могли заниматься доступными им ремеслами. Также Федор основал в Москве славяно-греческую школу — будущую Славяно-греко-латинскую академию. Он планировал создание университета с программой по примеру европейских университетов, который готовил бы будущих государственных чиновников. Но против этого резко выступил патриарх, потому что вслед за латинским языком в Россию неизбежно пришли бы книги католических богословов.

Федор Алексеевич начал масштабную перестройку Московского Кремля и Москвы в целом. При этом особый упор делал на строительстве светских зданий, почти 10 000 из них были каменными. Кредиты на их строительство Федор щедро раздавал из государственной казны. Также он создал новые противопожарные службы. По приказу царя в Кремле разбили новые висячие сады.

Федор Алексеевич приказал устроить в Кремле символический образ храма Гроба Господня и Воскресения Христова в Иерусалиме. Возможно, идею ему подал патриарх Никон, создавший в Ново-Иерусалимском Воскресенском монастыре под Москвой «великое подобие» главного храма Господня. По приказу Федора перестроили домовые храмы Теремного дворца. Церковь Евдокии переосвятили в честь Воскресения Словущего, при ней на хорах основана Распятская (Крестовоздвиженская) церковь, а между Словущенским храмом и Верхоспасским собором устроили Голгофу. Там, в пещере, на большом камне установили кипарисовое Распятие и поставили символический Гроб Господень, над которым парили херувимы и горели 12 стеклянных лампад. Позже для Гроба Господня устроили отдельный вертоград подле покоев царя Федора.

Легенда гласит, что Федор хотел отселить Наталью Нарышкину с детьми подальше от царского дворца. Когда же она наотрез отказалась, он не стал спорить, а… перенес сам дворец. Так это было на самом деле или нет, но ясно, что Федору не за что было любить «партию Нарышкиных», хотя к вдове своего отца и к ее детям он относился с неизменным уважением и заботился о них, как и подобало главе семьи. Так, для игр маленького Петра он приказал сделать специальную палату, в которой были лошадки, барабаны, солдатики, пушки и походные шатры. Он же приказал собрать для Петра потешную ватагу — будущий Семеновский и Измайловский полки, которые позже станут одними из главных опор нового государя.

Комнаты царевен в новом дворце были покрыты росписями на библейские сюжеты. В росписи комнаты царевны Софьи присутствовали образы души чистой и души грешной, тьмой помраченной. В конце XVII века она повелела сделать для домовой Екатерининской церкви новый иконостас в образе райского сада.

В те годы Софья находилась рядом с братом. Забота о больном, к которому она была искренне привязана, помогала ей выйти из своих покоев и участвовать в заседаниях Боярской думы при обсуждениях политики хотя бы только в качестве слушательницы.