Нельзя было допустить, чтобы православная и монофиситская церкви противостояли друг другу. Юстиниан пытался принудить их пойти на уступки, говоря папе Агапету: «Я заставлю тебя согласиться с нами или отправлю тебя в ссылку». Но вместо этого, по принуждению Агапета, он сослал Анфимия.

Юстиниан пытался примирить церкви, указывая на недостатки в трёх главах канонов Халкидона, надеясь удовлетворить восточных священников осуждением западных устоев. Его нападки на три главы вызвали новый взрыв негодования в Африке, Египте и Сирии. Казалось, что епископы восточных приходов предпочитали не менять ничего в канонах Халкидона, не важно, верны они или нет.

Не меняй того, что прошло, умоляла Феодора Юстиниана. Он хорошо помнил её слова, поскольку это был единственный раз, когда она по-настоящему умоляла его. Пусть люди верят в то, во что хотят, пусть каждый придерживается своей веры. Он знал, что она просит за своих друзей на востоке, но не мог отказать, потому что она была больна, в то время когда священники отправились на дальний арабский берег, а миссионеры — к гуннским племенам, куда не могла дойти армия. Его вынудили ослабить военные силы, заплатить за миссии, поэтому Яков шагал по сорок миль в день, чтобы избежать встречи со стражниками, а монахи из Дома Феодоры опередили послов Юстиниана на Кавказ и к берегам Нила.

Чтобы прекратить раскол, Юстиниан изучал доктрины восточной церкви, Василия Великого из Кесарии и Григория Нисского, пытаясь найти в их писаниях что-то общее со своими взглядами. Он пытался признать веру, согласиться с учениями: «...когда мы говорим, что Христос — Бог, мы не отрицаем того, что он был человеком, а когда мы говорим, что он человек, мы не отрицаем того, что он также и Бог...»

Эти тщательно выверенные слова не убеждали церковников. Феодора просила претора привезти папу Вигилия из Рима в Константинополь для последнего разговора. Вигилий согласился, что взаимопонимания можно достичь, и произнёс свой вердикт, поддерживающий нападки Юстиниана на три главы Халкидона.

Тогда казалось, что император победил и раскола больше не будет.

После смерти Феодоры споры возобновились. В присутствии Юстиниана епископы и дьяконы соглашались с его аргументами, когда же покидали его, то начинали говорить другое. Сам Вигилий уже не соглашался и отказывался подтвердить свой вердикт. Разгневанный правитель принялся язвительно обличать римлянина, который не мог покинуть Константинополь. Борьба между ними приняла письменную форму, и Юстиниан требовал, чтобы его пленник подписал согласие с приговором, вынесенным трём главам Халкидона, а Вигилий отвечал, что решения Халкидона абсолютно безошибочны. Ни император, ни папа не могли прийти к единому мнению.

От этой борьбы остались ужасные воспоминания: как измотанный Вигилий запёрся в своём дворце, а затем, спасаясь от угроз Юстиниана, скрывающегося в святилище, поспешил мимо Дома Феодоры к алтарю Святого Петра в прилегающей церкви Двух Апостолов. Претор, которому приказали арестовать папу, вошёл в церковь с солдатами и толпой; солдаты стали выгонять римских дьяконов из-за колонн, а могущественный Вигилий обхватил алтарь и держался за него, пока солдаты не схватили его за бороду и волосы. Тогда тонкие колонны подались, крыша упала, и её подхватили испуганные священники. Затем заревела толпа, выкрикивая проклятия и богохульства, обескураженному претору оставалось только убраться со своими солдатами, оставив Вигилия в покое. Последний ночью перебрался через стену к ждущей его лодке и скрылся в новом святилище, в церкви Святой Юфимии, в Халкидоне. Белизарий послал за ним людей убедить папу вернуться, но Вигилий отказался, описав историю своей борьбы, пока Юстиниан наконец не сдался и не пообещал ему дипломатическую неприкосновенность.

Правитель принял это решение, чтобы показать свою безграничную власть. Он созвал совет для соединения разрозненных церквей. Пятый вселенский собор, послушный его велению, должен был собраться в Константинополе.