Поскольку семья Дрейков едва сводила концы с концами, отец, по данным Кэмдена, устроил старшего сына юнгой на небольшое торговое судно, ходившее в порты Нидерландов и Франции. Владелец судна, не имевший детей, относился к Фрэнсису как к родному сыну.

В январе 1561 года друзья помогли Эдмунду получить место викария в приходе Апчёрч, что в районе Медуэйских маршей. Произошли изменения и в судьбе молодого Фрэнсиса. В том же году умер владелец судна, на котором он осваивал азы морского ремесла, и ветхая посудина перешла по завещанию в его собственность. Увы, состояние парусника было столь плачевным, что спустя некоторое время Дрейк предпочел продать его за бесценок и устроиться баталёром, или третьим офицером, на один из кораблей своего троюродного брата Джона Хокинса. По данным Джона Стоу, этот корабль совершал торговые рейсы в Бискайский залив — очевидно, в Ла-Рошель и в Страну Басков. С ним солидарен Дж. Бидвелл, утверждавший, что в 1563 году Дрейк устроился третьим помощником на торговое судно «Авон», принадлежавшее братьям Уильяму и Джону Хокинсам, и отправился на нем в баскский порт Сан-Себастьян.

Более достоверными сведениями мы располагаем относительно участия Дрейка в работорговой экспедиции Джона Ловелла, снаряженной по инициативе и на средства братьев Хокинсов. Однако точно не известно, какую должность он занимал в этом походе «за рабами и золотом»: имя его не значится ни среди капитанов, ни среди владельцев кораблей.

Ловелл, очевидно, был родственником Хокинсов и Дрейков. Он шел на новом судне «Своллоу», имевшем водоизмещение 180 тонн; его суперкарго — агентом инвесторов, ответственным за груз, — был Томас Хэмптон. Шкипером барка «Пол» (около 140 тонн) был Джеймс Хэмптон. Третьим судном, называвшимся «Соломон» (около 130 тонн), командовал Джеймс Ронс (или Ренс). Шкипером пинаса «Паско» (40 тонн) значился Роберт Болтон. Они подняли паруса 9 ноября 1566 года, взяв курс на Канарские острова. Достигнув упомянутого архипелага, Ловелл зашел на Тенерифе, где деловыми партнерами, осведомителями и друзьями Хокинсов были выходец из богатой генуэзской семьи Педро де Понте и викарий Педро Солер. Но в отличие от своего патрона, умевшего ладить с католиками, Ловелл везде демонстрировал свои протестантские убеждения. Возмущенные еретическими речами «лютеранских собак», испанцы были рады, когда Ловелл и его люди покинули Канары.

По данным португальских источников, в районе Зеленого мыса англичане захватили португальский невольничий корабль, на борту которого обнаружили негров, слоновую кость, воск и другие товары. Затем они отправились к островам Зеленого Мыса и в феврале 1567 года подошли к острову Сантьягу. На рейде порта Рибейра-Гранде (он же Сантьягу; ныне — Сидаде-Велья) корсары овладели еще одним богатым судном, перевозившим сахар и рабов. Здесь ими также был взят на абордаж корабль, направлявшийся в Бразилию. Наконец, у острова Маю люди Ловелла захватили еще два судна. Эти разбойничьи действия англичан могли быть ответом на захват португальской эскадрой осенью 1565 года судна «Мэри форчун», принадлежавшего представителям Британского адмиралтейства Джорджу и Уильяму Уинтерам; судно было потоплено «близ реки Сестос», при этом судовладельцы потеряли груз стоимостью 7 тысяч 600 фунтов стерлингов, а 21 член экипажа был заключен в казематы крепости Сан-Жоржи-да-Мина.