Дрейк опросил членов команды «Мэри». Трубач Джон Брюэр (паж сэра Кристофера Хэттона), корабельный плотник Эдвард Брайт и некоторые другие заявили, что воровал не брат генерал-капитана, а Даути. Тогда решено было обыскать каюты обоих подозреваемых. Среди вещей Томаса Дрейка ничего подозрительного не нашли, зато в каюте Даути обнаружили кое-какую мелочь, принадлежавшую португальцам и не внесенную в общую опись: пару перчаток, горсть монет и небольшое кольцо. Оправдываясь, Даути сказал, что эти вещи не имели особой ценности и были открыто, при свидетелях, подарены ему одним из португальских пленников. Принятие подобных «презентов» не считалось преступлением.

Отстранив Даути от командования призом, Дрейк приказал ему перейти на борт «Пеликана», чтобы командовать там солдатами в его отсутствие; сам же генерал-капитан временно остался на борту «Мэри». Вслед за Даути на флагманский корабль был отправлен и доверенный человек Дрейка — Джон Брюэр. Ему, по всей видимости, было поручено провоцировать Даути с целью последующей его компрометации. Брюэр успешно справился с поставленной задачей. В один из дней Даути набросился на него с бранью, употребив выражения, которые весьма задели Дрейка (по мнению некоторых авторов, Даути велел матросам стащить с Брюэра штаны и отлупить его палками). Генерал-капитан приказал Даути подойти к борту «Мэри» на шлюпке и, отказавшись выслушать его, крикнул:

— Оставайтесь в лодке, Томас Даути, ибо я отправляю вас на «Суон», где отныне вы будете содержаться под стражей!

Джон Честер, командовавший «Суоном», приставил к заключенному надзирателя в лице Хью Смита, которому было велено «не вступать с ним в беседы и не брать из его рук никаких вещей». Мастер «Суона», Джон Сэроколд, имел репутацию грубой скотины и, вероятно, должен был позаботиться о том, чтобы сделать пребывание Даути на борту флибота невыносимым.

Переход флотилии Дрейка через Атлантику занял 63 дня. 17 февраля, согласно данным Клиффа, корабли пересекли экватор (Нуньо да Силва записал, что это случилось 20 февраля).

«Почти весь переход пришелся на тропический пояс, — читаем в отредактированных записках Флетчера, — и мы на собственном опыте убедились, как несправедливы были древние, когда они говорили, что под тропиками не может быть жизни вследствие невыносимой жары и солнечного света. Для нас тропики и на воде, и на суше были земным раем. Единственное, от чего мы несколько страдали, это от необходимости беречь запас воды. Но и то в течение долгого времени, по обе стороны экватора, мы каждый день имели дождь…

Много мы дивились и любовались на летающую рыбу, которой видели множество. Когда за ней гонятся дельфины или крупная рыба, она при помощи своих плавников, которыми пользуется, как птица крыльями, взлетает в воздух на довольно значительную высоту. Но она не может держаться в воздухе долго; после десяти-двенадцати взмахов ей снова надо опуститься в воду. Иногда она падает на палубу идущих кораблей. Мы отметили дорогой еще следующие явления. Так, если после дождя, который ежедневно лил на экваторе, промоченное платье не стиралось вскоре и не просушивалось, оно истлевало и превращалось в прах. Далее, под тропиками совершенно исчезла вошь, которая так мучила многих наших матросов с момента отправления из Англии… Когда мы подходили к бразильским берегам, на нас нельзя было найти ни одного насекомого. Наконец, когда мы находились на экваторе и солнце стояло в зените, тела наши не давали никакой тени».

В конце февраля корабли экспедиции достигли острова Фернанду-ди-Норонья, расположенного к востоку от побережья Бразилии. 10 марта они подошли к заливу Всех Святых, в глубине которого находился португальский город Сан-Салвадор-де-Баия.