Война с Японией была крайне неудачной, потери — большими. Российское общество возмущалось коррумпированной властью и неумелым военным командованием.

Фрунзе написал листовку от имени партии большевиков: «Товарищи! Окончилась позорная, кровавая бойня. На далеких полях Маньчжурии больше не будет раздаваться свиста пуль и грохота пушек, замолкнут стоны и проклятия умирающих и искалеченных. Останутся только одни братские могилы — там, вдалеке, на чужой стороне…

Мир заключен. Что же нам даст этот мир, товарищи крестьяне и рабочие? Еще долго придется нам, крестьянам и рабочим, из наших скудных грошей платить контрибуцию. Для чьей пользы началась эта кровавая бойня? Разве нам нужна чужая Маньчжурия? Разве нам мешали жить японцы?

Царю и его прислужникам мало соков народных, они истощились, давай попробуем в чужой Корее захватить богатые леса. Но японскому царю, дворянам и купцам тоже захотелось лакомого кусочка; они оказались сильнее и завоевали Маньчжурию и Корею».

В апреле 1906 года Фрунзе участвовал в IV Стокгольмском съезде социал-демократической партии. Здесь Михаил познакомился с Лениным. На съезде большинство делегатов составляли меньшевики. Предлагавшиеся большевиками проекты резолюции не прошли. Съезд принял аграрную программу и решил участвовать в выборах Государственной думы.

В разгар первой русской революции с небольшим боевым отрядом Фрунзе прибыл в Москву и принял участие в перестрелках с полицией — возле Зоологического сада, в районе Ваганьковского кладбища. Когда в город ввели войска для наведения порядка, уехал в Шую.

Здесь рабочие провели забастовку. Но она не удалась.

Фрунзе написал листовку: «Прежде чем давать сражение неприятелю, нужно было подготовить свои силы, подготовить провиант, расследовать силы врага, узнать его слабые места, трезво взвесить его и свои силы, выбрать подходящее время и тогда уже дружным натиском ударить на врага. Вот тогда мы бы могли добиться победы».

Фрунзе (под чужой фамилией) выступал в гостинице «Лондон» с докладом о профсоюзном движении. Предложил принять разработанный им «Устав профессионального союза рабочих текстильного пряде-ситцепечатного и ткацкого производства в Шуе».

Первая русская революция была подавлена. Михаил попытался восстановиться в институте, где к нему отнеслись очень доброжелательно: «Очевидно, что отчисление от института было результатом оплошности, а не намерения. Чтобы исправить дело, если это желательно, следует подать декану прошение об обратном принятии на то же отделение, причем же изложить причины неявки своевременно к занятиям и несообщения о себе нужных сведений».

Фрунзе так и поступил. В июне 1906 года написал заявление декану экономического отделения своего института с просьбой позволить ему продолжить образование: «Причина моей неявки к 1 сентября прошлого года заключалась в следующем. Будучи уверен, что учебных занятий в прошлом учебном году не будет, и считаясь с теми громадными затратами, которые пришлось бы сделать (моя родина — Семиреченская область, на границе с Китаем) и которых я не мог сделать за неимением средств, я решил в институт не ехать.

Спешу оговориться, что я совершенно не знал, что за мою неявку я буду исключен из института. Спешу теперь исправить свою оплошность и прошу содействия Вашего Превосходительства. Деньги, следуемые за прошлое осеннее полугодие, постараюсь внести в самом недалеком будущем».

Фрунзе восстановили и зачислили на второй курс, что давало в том числе право отсрочки от военной службы. Но учиться он уже не хотел. Утратил интерес к тому, чтобы корпеть над книгами.

Семнадцатого января 1907 года Фрунзе во главе боевой группы захватил частную типографию в Шуе, чтобы напечатать большевистские листовки.