Непосредственное руководство действиями войск Фрунзе (как и всеми операциями Красной армии) осуществлял выбранный Троцким на пост главнокомандующего бывший полковник Иоаким Иоакимович Вацетис. Он окончил Академию Генерального штаба, в 1917 году командовал 5-м Земгальским латышским полком, вместе с которым перешел на сторону революции. Весной 1918 года он сформировал Латышскую советскую стрелковую дивизию, которая охраняла Кремль и подавила мятеж левых эсеров. С тех пор Вацетис пользовался у большевиков особым доверием.

В июле 1918 года Вацетис был назначен командующим Восточным фронтом, а в сентябре — Главнокомандующим вооруженными силами республики.

Но Вацетиса не любили в ВЧК, что погубило его военную карьеру. Он держался независимо и не скрывал своих взглядов. 18 апреля 1919 года главком в подробном докладе Ленину вступился за высокообразованных офицеров, которые тащили на себе всю штабную работу, трудились «в высшей степени добросовестно, честно и с гораздо большей затратой энергии, чем это делалось и требовалось условиями службы старой императорской армии». Вацетис писал об оскорбительном недоверии к бывшим офицерам, которые по своей воле пошли служить советской власти, жаловался на несправедливое отношение к ним со стороны комиссаров и чекистов.

В ответ Особый отдел ВЧК арестовал бывшего офицера, состоявшего при Вацетисе, и сообщил Дзержинскому, что в Полевом штабе Реввоенсовета созрел белогвардейский заговор. Феликс Эдмундович доложил Ленину, тот подписал приказ об освобождении Вацетиса от должности главкома.

Полевой штаб РВС существовал с 22 октября 1918 года и руководил всеми боевыми операциями. Вместе с Вацетисом был арестован начальник штаба Федор Васильевич Костяев и еще несколько ключевых штабистов. Эти аресты были проведены летом 1919 года, когда положение на фронтах было отчаянное.

Обвинения против Вацетиса, как и следовало ожидать, оказались липовыми. Освободили и остальных офицеров, дела прекратили за отсутствием состава преступления. Но на свой пост Вацетис уже не вернулся.

Главкомом стал Сергей Сергеевич Каменев, еще один выпускник Академии Генерального штаба. 1 апреля 1918 года он вступил в Красную армию, в сентябре 1918 года сменил Вацетиса на посту командующего Восточным фронтом и сражался против войск адмирала Колчака. Начальником штаба фронта был Павел Павлович Лебедев, бывший генерал-майор. Последняя должность в старой армии — генерал-квартирмейстер (начальник Оперативного управления) в штабе Западного фронта.

Весной 1919 года Каменев вступил в конфликт с Реввоенсоветом Республики, отказавшись исполнить приказ Троцкого прекратить наступление на Восточном фронте, чтобы можно было перебросить силы на Южный фронт против Деникина. За невыполнение приказа Троцкий отстранил его от должности, но в самой вежливой форме: «Напряженная и непрерывная работа командующего Восточным фронтом вызвала потребность во временном отдыхе. Увольняя Каменева в шестинедельный отпуск и выражая ему благодарность от имени Красной Армии, твердо надеюсь, что войска Восточного фронта под руководством нового командующего, А. А. Самойло, разовьют уже полученные успехи и дадут Советской Республике полную победу над Колчаком».

Каменеву было вдвойне обидно: его не только сняли с должности, но и заменили бывшим генерал-лейтенантом Александром Александровичем Самойло, с которым он находился в неприязненных отношениях еще с царских времен.

Самойло командовал 6-й армией, которая сражалась на севере страны. Его вызвал к прямому проводу бывший сослуживец по Генеральному штабу Федор Васильевич Костяев, начальник Полевого штаба Красной армии, и от имени главкома предложил принять должность командующего армиями Восточного фронта.