Следующая проблема — «элементы», точнее «стихии». Таковых, по мнению философа, четыре: воздух, огонь, вода, земля. В «стихиях» материя обретает индивидуальную структуру, и соответствующий раздел науки Гегель называет «индивидуальной физикой». Простейший способ различия тел — удельный вес. Поскольку Гегель не признает существования пустоты, он не соглашается и с объяснением удельного веса различной плотностью вещества. Он на стороне Канта, согласно которому дело не в количестве частиц, заполняющих тот или иной объем, а в их напряженности, в динамической силе. Атомистику Гегель отвергает.

Высшая ступень «индивидуализации» неорганического вещества — химическая реакция. В химии Гегелю принадлежат две замечательные догадки: он высказал предположение об электромагнитной природе химических реакций и предсказал периодическую систему элементов. Еще в «Науке логики» он писал: «Следовало бы поставить себе задачу познать показатели отношений ряда удельных тяжестей как некоторую систему, вытекающую из правила, которое специфизировало бы чисто арифметическую множественность в ряд гармонических узлов. Такое же требование должно было бы быть поставлено и познанию указанных выше рядов химического сродства».

Философ смотрит на природу как на систему, но ни за что не желает привести эту систему в движение. Великий диалектик закрывает глаза на самое убедительное подтверждение диалектики, отвергает естественное происхождение жизни. В первом издании «Энциклопедии» Гегель абсолютно категоричен в этом отношении, в последующих он идет на небольшие уступки: признает самозарождение «точечной и скоропреходящей жизненности». Животный организм характеризуется чувствительностью, раздражимостью, самовоспроизведением. Эти признаки реализуются в трех системах: нервной, кровообращения и питания. В составе крови Гегель отрицает существование красных телец: «Если вылить кровь в воду, она скатывается в шарики; но кровь сама по себе, живая кровь, не свертывается. Кровяные шарики появляются таким образом только при умирании крови, когда она соприкасается с атмосферой. Стало быть, их устойчивое существование есть фикция подобно атомистике». Организм живет в тесной связи с неорганической природой. Разрыв этой связи проявляется как чувство недостатка, как потребность. Деятельность организма есть постоянная борьба за удовлетворение потребностей, в этой борьбе животное руководствуется чувством. Это предел, выход за который переносит в сферу духа.

Достигнув ступени духа, идея приступает к самопознанию. Философия духа включает в себя учение о субъективном, объективном и абсолютном духе. Нам эта терминология уже знакома по «Феноменологии духа». Речь идет об индивидуальном сознании, деятельности общества и формах общественного сознания.

Учение о субъективном духе распадается на антропологию, феноменологиюи психологию. Антропология изучает «душу», то есть ту часть духовной деятельности человека, которая непосредственно связана с его телесностью. Гегель говорит о природной детерминации психики и в качестве примера приводит расовые и национальные различия. Разумеется, он против расизма: человек разумен как таковой, в этом заключается возможность равноправия всех людей. Но своеобразие духовного облика народов — факт неоспоримый. Итальянцы непосредственны, их дух безудержно изливается в «телесность», отсюда отчаянная жестикуляция; частные интересы преобладают над общими, поэтому политическое право не смогло развиться до прочной разумной формы. У испанцев мы точно так же встречаем преобладание индивидуальности, однако последняя приобретает форму всеобщности, понятие о чести выступает в качестве определяющего принципа поведения. Итальянец живет под впечатлением момента, в сфере ощущений, испанец обладает твердыми представлениями и с фанатическим усердием придерживается буквы католического учения.