С 1894 г. квота на число поступающих отменена, но изменились и правила выпуска: было установлено, что основная задача академии — распространение высшего военного образования в армии. В соответствии с этим после 2-го курса офицеры выпускались в войска, а лучшие поступали на дополнительный курс, и лишь окончившие его причислялись к Генеральному штабу. Выпускники были обязаны прослужить в военном ведомстве 1,5 года за каждый год обучения.

Довольно большое число офицеров по разным причинам отчислялись до окончания курса: за 1881–1900 гг. было отчислено 913 человек. Зато окончившие академию занимали впоследствии высшие командные посты.

По положению (пр. по воен. вед. 1893 г.) Николаевская академия Генерального штаба имела целью:

«а) развитие высшего образования среди офицеров армии и

б) комплектование корпуса офицеров Генерального штаба.

Кроме двух классов — младшего и старшего — существовал Дополнительный курс, куда переводились лучшие по успехам из офицеров, в числе, соответствующем вакансиям в Генеральном штабе» (Императорская Николаевская военная академия).

Поручик (пр. 06.12.1909 г.; старшинство 22.04.1909 г.) Яков Александрович Слащёв окончил академию в 1911 году. Два класса вместе с дополнительным курсом — успешно, но без права причисления к Генеральному штабу из-за низкого среднего балла. Сегодня можно лишь предположить, так как прямых свидетельств не сохранилось, что Яков Александрович вполне мог вступить в конфликт с одним из преподавателей академии. Прямой, честный и храбрый офицер отличался превосходнейшим образованием, но уже тогда не терпел несправедливость.

А.И. Деникин в своих незаконченных мемуарах, вспоминая академию, очень ёмко сформулировал своё отношение к несправедливости в её стенах следующими словами: «Каким непроходимым чертополохом поросли пути к правде». Для этого у него были достаточно веские причины:

«Весною 1899 года последний наш «лееровский» выпуск заканчивал третий курс при Сухотине. На основании закона были составлены и опубликованы списки окончивших курс по старшинству баллов. Окончательным считался средний балл из двух: 1) среднего за теоретический двухлетний курс и 2) среднего за три диссертации. Около 50 офицеров, среди которых был я, тогда штабс-капитан артиллерии, причислялись к корпусу Генерального штаба; остальным, также около 50-ти, предстояло вернуться в свои части. Нас, причисленных, пригласили в Академию, от имени Сухотина поздравили с причислением, после чего начались практические занятия по службе Генерального штаба, длившиеся две недели…

Но вот однажды, придя в Академию, мы были поражены новостью. Список офицеров, предназначенных в Генеральный штаб, был снят, и на место его вывешен другой, на совершенно других началах, чем было установлено в законе». История долгая, но поучительная. Антону Ивановичу потребовалось много сил и здоровья, чтобы добиться справедливости. Благодаря настойчивости будущего прекрасного военачальника, его всё-таки причислили к Генеральному штабу в 1901 году, после соответствующей резолюции военного министра.

По поводу обучения в Академии Генерального штаба генерал Мартынов не без иронии рассказывал, как бывший начальник академии генерал Леер неоднократно говорил ему, что «наши курсы военного искусства представляют огромную мусорную кучу, куда каждый несёт свои отбросы». В частности, он писал:

«Затем, каждого поражает оторванность академии от жизни. В то время как все высшие военные школы Европы идут во главе быстро развивающегося военного дела, наша академия как бы замерла в своих отживших неподвижных формах.