Большинство историков считают, что Федор был не способен к государственной деятельности, принимал мало участия в управлении государством, находясь под опекой сначала совета вельмож, затем своего шурина Бориса Федоровича Годунова, который с 1587 года был фактически единоличным правителем государства, а после смерти Федора стал его преемником. «Федор царствовал, Борис управлял – это знали все и на Руси, и за границей».

В то же время известно, что государственные дела он обсуждал с боярами в Переднем покое, а особо щекотливые вопросы решал со своими приближенными в личном кабинете – то есть, государственными делами все же занимался.

При Федоре Ивановиче зодчим Ф. Конем были возведены стены и башни Белого города, пушечным литейщиком Андреем Чоховым была отлита знаменитая Царь-пушка. В 1589 году учреждено патриаршество (первым патриархом стал Иов, ставленник Бориса Годунова). В период правления Федора Ивановича было начато строительство города Архангельска (1585), столицы Западной Сибири Тобольска (1587), заложены каменные укрепления Смоленска (1596). Была принята присяга на подданство от царя Иверского (Грузия) Александра. Во время Русско-шведской войны 1590–1595 годов возвращены России города Ям, Ивангород, Копорье, Корелы.

Умер в Москве в январе 1598 года. Тело его погребено в московском Архангельском соборе.

Портрет Исаака Массы работы Франса Халса, 1626 г.

Патриарх Иов писал: «Когда же благочестивый царь и великий князь всея Руси Федор Иванович достиг меры возраста зрелого мужа, сорока одного года, приключилась ему тяжкая болезнь, в которой он пребыл немалое время…» [7]

Бориса Годунова называют главным виновником смерти царя. Исаак Масса [8] пишет: «Федор Иванович внезапно заболел и умер 5 января 1598 года. Я твердо убежден в том, что Борис ускорил его смерть при содействии и по просьбе своей жены, желавшей скорее стать царицей, и многие москвичи разделяют мое мнение».

Григорий Котошихин писал в своем сочинении: «Той же боярин [Борис Годунов], правивше государством неединолетно, обогатился зело. Проклятый же и лукавый сотана, искони ненавидяй рода человеча, возмути его разум, всем бо имением, богатством и честию исполнен, но еще несовершенно удовлетворен, понеж житие и власть имеяй царскую, славою же несть. И дияволим научением мыслил той боярин учинитись царем…»

«Некоторые сказывают, якобы царица [9] , думая, что оный брат ее причиной смерти был государя царя Феодора Иоанновича, до смерти видеть его не хотела» [10] .

Иван Тимофеев, говоря о смерти Федора Ивановича, прямо указывает на его убийцу: «Некоторые говорят, что лета жизни этого живущего свято в преподобии и правде царя, положенные ему Богом, не достигли еще конечного предела – смерти, когда незлобивая его душа вышла из чистого тела; и не просто это случилось, а каким-то образом своим злым умыслом виновен в его смерти был тот же злой властолюбец и завистник его царства [Борис Годунов], судя по всем обличающим его делам, так как он был убийца и младшего брата [Дмитрия Углического] этого царя. Это известно не только всем людям, но небу и земле. Бог по своему смотрению попустил это и потерпел предшествующее [убийство], а он рассудил в себе [совершить второе убийство], надеясь на наше молчание, допущенное из-за страха пред ним при явном убийстве брата того [Федора], царевича Димитрия. Так и случилось. Знал он, знал, что нет мужества ни у кого и что не было тогда, как и теперь, «крепкого во Израиле» от головы и до ног, от величайших и до простых, так как и благороднейшие тогда все онемели, одинаково допуская его сделать это, и были безгласны, как рыбы, – как говорится: «если кто не остановлен в первом, безбоязненно устремляется и ко второму», – как он и поступил» [11] .