Больше года Делеклюз провел в политическом отделении тюрьмы Сент-Пелажи. Здесь было довольно сносно. Разрешалось принимать посетителей, читать и писать. Еженедельные встречи с матерью, любимой сестрой, иногда с очень постаревшим отцом радовали его. Близкие Делеклюза не жаловались, хотя его заключение в тюрьму было для них жестоким ударом. А он понимал это. Его угнетало, что теперь он не имеет возможности помогать им материально. Вообще тюремный досуг давал возможность поразмыслить о многом. Но в конечном счете все его мысли и чувства сводились к одному, к революции. Вспоминая о днях, проведенных в Сент-Пелажи, Делеклюз писал впоследствии: «Сколько раз я благословлял солнце, лучи которого рассыпались на голых стенах моей камеры: ведь это солнце когда-то озаряло сияющие лица наших отцов в священные дни нашей истории! Ветер доносил до меня приглушенные над руинами Бастилии звуки, и я ощущал могучее дыхание Великого революционного города, который, как мне казалось, в молчании созревает для новых, еще более ослепительных чудесных событий».

Но недолго пришлось Делеклюзу радоваться близости Парижа. В июне 1855 года, когда он только что начал оправляться от серьезной болезни, его повезли в Бретань. Неподалеку от ее побережья на острове Бель-Иль (это значит «Прекрасный остров») в старой крепости находилась тюрьма, новое место заключения Делеклюза. Здесь томились революционеры всех направлений. Во дворе у окна своей камеры возделывал крошечный огородик великий заговорщик Огюст Бланки. В тюрьме находился его соперник и враг Барбес. Они и здесь ожесточенно спорили между собой. Все заключенные, в зависимости от своих симпатий, разделились на два лагеря. Делеклюз стоял в стороне от этого конфликта и от всех прочих дрязг, которых и в тюрьме хватало. Среди арестантов Делеклюз встретил верных друзей, таких, как адвокат Гамбон, посаженный за дело 13 июня. По сравнению с тюрьмой Сент-Пелажи на острове больше ощущался отрыв от жизни. Вести с воли приходили значительно реже, не было и частых свиданий с близкими. Правда, тюрьма на острове Бель-Иль имела свои преимущества. В распоряжении заключенных находился большой двор, заросший травой, где они могли гулять, наслаждаясь солнцем и морским ветром.

Делеклюз много времени проводит над книгами. Он исписал несколько тетрадей, делая резюме прочитанных им исторических, философских, экономических сочинений. Делеклюз считал обстановку на острове Бель-Иль вполне приличной. Но тюрьма есть тюрьма. Деятельная, энергичная натура Делеклюза томилась. Самым тягостным для него было сознание потерянного времени. Его угнетало молчание Франции, как будто примирившейся с господством над ней коронованного ничтожества. По-прежнему совесть Делеклюза тревожат мысли о тяжелой жизни матери и сестры, оказавшихся без всякой помощи. Хорошо еще, что в многочисленных письмах, которые он получал от них, не было и тени упрека. Более того, они находили силы не только для того, чтобы безропотно переносить свои бедствия, но и вселять бодрость, надежду в сознание дорогого им узника. Судьба наградила Делеклюза матерью с мужественным и благородным сердцем. Вот что писала ему в тюрьму эта замечательная женщина: «Среди всех моих многочисленных невзгод у меня есть одно дорогое для меня утешение. Меня поддерживает твое великое мужество, твоя неволя возвышает тебя в моем сознании. Я горда и счастлива быть твоей матерью».

Делеклюз уже начал считать дни, оставшиеся до окончания срока, когда стало известно, что его вместе с тридцатью другими узниками должны перевести в тюрьму на остров Корсику, в Средиземном море. 1 декабря 1857 года их погрузили на корвет «Танжер», и они поплыли вокруг Испании, через Гибралтарский пролив к южным берегам Франции. Плавание прошло спокойно, если не считать того, что во время стоянки в Кадиксе один заключенный бежал, вплавь добравшись до испанской земли.