Все чаще военачальника одолевали тяжелые мысли о будущем страны. Весьма показателен диалог, состоявшийся между М.В. Алексеевым и М.К. Лемке 16 марта 1916 года, сразу после неудачной Нарочской операции. Тогда, по свидетельству мемуариста, Алексеев произнес следующее:

— Армия — наша фотография… С такой армией можно только погибать. И задача командования свести эту гибель к возможно меньшему позору. Россия кончит прахом, оглянется, встанет на все свои четыре медвежьи лапы и пойдет ломать… Вот тогда мы узнаем, поймем, какого зверя держали в клетке. Все полетит, все будет разрушено, все самое дорогое и ценное признается вздором…

— Если этот процесс неотвратим, — возразил Лемке, — то не лучше ли теперь принять меры к меньшему краху, спасению самого дорогого, хоть нашей культуры?

— Мы бессильны спасти будущее, никакими мерами этого не достигнуть. Будущее страшно, а мы должны сидеть сложа руки и только ждать, когда же все начнет валиться. А валиться будет бурно, стихийно. Вы думаете, я не сижу ночами и не думаю хотя бы о моменте демобилизации армии? Ведь это же будет такой поток дикого разнуздавшегося солдата, который никто не остановит…

Читать подобные предсказания, с убийственной точностью сбывшиеся в 1917 году, сегодня жутко. Однако подобный пессимизм овладевал начальником штаба Верховного далеко не всегда. «Сидеть сложа руки» было не в его правилах, иначе Алексеев не предпринимал бы никаких шагов, а просто бездумно и слепо исполнял бы свои служебные обязанности…

По-видимому, сначала недовольство М.В. Алексеева вызывало лишь сильное влияние, которое оказывали на Николая II его супруга, императрица Александра Федоровна, и Григорий Распутин. Генерал П.К. Кондзеровский запечатлел в мемуарах такую сцену: «Придя к генералу Алексееву с докладом, я застал его в страшно возбужденном состоянии, бегающим взад и вперед по его маленькому служебному кабинету. И тут он мне взволнованно сказал несколько слов о том, какое ужасное влияние имеет на Государя Императрица, как Она портит этим Государю и как вредит всему». А Г.И. Шавельский вспоминает о том, с какой охотой согласился Алексеев поддержать его разговор с Николаем II о вредном влиянии, которое оказывает на него Распутин.

Надо сказать, что императрица искренне пыталась наладить с Алексеевым контакт. Во время одного из посещений Могилёва она во время прогулки с генералом завела разговор о Распутине, убеждая Михаила Васильевича в том, что его посещение Ставки принесет армии счастье. Но Алексеев сухо сказал в ответ, что если Распутин появится в Могилёве, он немедленно подаст в отставку. Императрица резко оборвала разговор и ушла не простившись. По словам Алексеева, после этой беседы отношение к нему императора ухудшилось. Впрочем, из дальнейших событий видно, что доверия к своему начштаба Верховный не утратил.

Одновременно генерала беспокоил нараставший в тылу кризис, вернее, сразу несколько кризисов — политический, экономический, духовный. С 1915 года в России началось размежевание между фронтом и тылом, которое возрастало с каждым месяцем. Столкнувшись с невиданной доселе войной, с колоссальными жертвами и потерями, которые на фоне побед России XIX века казались ужасающими (отдали Варшаву, которой Россия владела сто лет!.. Германская армия стояла в Белоруссии!..), люди оказались неготовыми жить и работать по простому и логичному правилу: «Все для фронта, все для победы». Тем более что Россия, в отличие от большинства воюющих стран, не вводила (и не могла ввести — против этого восстала бы Государственная дума) военное положение в тылу. Так что военные заводы даже в разгар неудач на фронте могли преспокойно бастовать (в 1914 году в России бастовало 300 тысяч рабочих, в 1916-м — уже 2,2 миллиона), газеты — сеять слухи и панику, «земгусары» — рассказывать сплетни о Распутине, поэты — писать стихи наподобие «Еще не значит быть изменником — быть радостным и молодым, не причиняя боли пленникам и не спеша в шрапнельный дым» (Игорь Северянин)…

Со всем этим хаосом, по мысли Алексеева, должно было покончить Верховное министерство государственной обороны, проект создания которого был подготовлен генералом 15 июня 1916 года.