Однако едва новый-старый Верховный успел отдать первый приказ по армии, как из Петрограда пришел документ за подписью премьер-министра князя Г.Е. Львова о нежелательности дальнейшего пребывания великого князя в Могилёве. Николай Николаевич был страшно оскорблен (ведь он полностью поддержал Временное правительство во время переворота, а его не оценили!) и удалился в свое крымское поместье, сдав управление Ставкой Алексееву… Официально великий князь был снят с должности и уволен со службы 11 марта. В Ставке снова началось «междуцарствие».

Военный министр А.И. Гучков предложил на пост Главковерха кандидатуру Алексеева. Но против этого возразил М.В. Родзянко, неожиданно обвинивший Алексеева в… «тайном монархизме». 19 марта Временное правительство постановило: «Признать, что в интересах успешного ведения войны представляется мерой неотложного освобождения генерала Алексеева от обязанностей Верховного Главнокомандующего. Желательным кандидатом является генерал Брусилов». Но по настоянию Гучкова ситуацию все же разрешили «демократическим» способом, опросив по телеграфу 18 высших воинских начальников и попросив их… самим избрать Верховного главнокомандующего. В итоге 13 человек высказались об Алексееве в целом благоприятно, четверо — генерал от кавалерии А.А. Брусилов, генералы от инфантерии А.Ф. Рагоза, В.Н. Горбатовский и Ю.Н. Данилов — отозвались о нем без энтузиазма, подчеркнув безволие как основное качество характера Алексеева, а Н.В. Рузский от ответа вовсе уклонился, сославшись на то, что «выбор Верховного должен быть сделан волею правительства». В итоге «демократия» победила, и 2 апреля 1917 года М.В. Алексеев получил телеграмму из Петрограда: «Временное правительство назначает Вас Верховным Главнокомандующим. Оно верит, что армия и флот под Вашим твердым руководством исполнят свой долг перед родиной до конца».

О том, как приняли чины Ставки назначение Алексеева Верховным, свидетельствуют воспоминания Н.М. Дубенского: «Сдача Великим Князем верховного командования генералу Алексееву повергла всех в уныние, и стало ясно, что революция теперь не остановится и скорая погибель армии, а с ней и России, неизбежны. Ставка при этом хорошо понимала, что генерал Алексеев Верховным Главнокомандующим ни по своему характеру, ни по своим способностям, ни по системе своего труда, при котором он стремился одинаково внимательно разрешать и крупные и мелкие вопросы, быть не может».

Впрочем, такого мнения придерживались далеко не все. Еще до официального назначения Алексеева Главковерхом начали происходить перемены и в самой Ставке: начальником ее штаба 11 марта стал генерал от инфантерии Владислав Наполеонович Клембовский, который, как мы помним, еще с декабря 1916 года был помощником начштаба. Но уже через две недели Клембовский был назначен в состав Военного совета, а его преемником по настоянию Гучкова стал командир 8-го армейского корпуса, хорошо знакомый Алексееву генерал-лейтенант Антон Иванович Деникин — один из талантливейших русских полководцев Первой мировой. В Могилёв он прибыл 25 марта, а официально вступил в должность 5 апреля. Пост генерал-квартирмейстера 15 апреля по приглашению Алексеева занял генерал-майор Яков Давыдович Юзефович, пришедший с должности начштаба 2-го кавалерийского корпуса. 12 мая он стал 1-м генерал-квартирмейстером, а должность 2-го генкварта получил хороший знакомый Деникина — командующий 10-й пехотной дивизией генерал-майор Сергей Леонидович Марков.