В народном предании, записанном в Кижах в 90-х годах XIX века, об этом трагическом событии рассказывается так. Когда генерал у Кижской церкви стрелял в народ из пушки, и там «кровь пролилась», то из толпы вышел седой старик Климов. «Я, сказал он, желаю богу и государыне служить. А генерал-то схватил его за бороду: ты, говорит, пушки послушался, а не указу».

Крестьянское восстание было подавлено, но следственную комиссию беспокоило то обстоятельство, что Климент Соболев оставался на свободе, скрываясь в селениях Заонежья. Около 15 июля 1771 года в следственную комиссию поступило донесение от старосты Фоймогубской волости о том, что К. Соболев возвратился из Петербурга и находится в деревне Романовской, в своем доме. В Толвуйский погост сразу же отправился поручик Франк со взводом солдат. 21 июля он арестовал К. Соболева. При аресте у К. Соболева были отобраны: ружье, пистолет, пороховая натруска и нож. «Всенародного возмутителя» доставили на Петровский завод, где было приказано заковать его в кандалы.

Рассмотрев заключение следственной комиссии, Сенат вынес приговор. К Соболев, С. Костин и А. Сальников осуждались к наказанию кнутом (по 100 ударов каждому), вырезанию ноздрей, к наложению на лице раскаленным железом клейма из трех букв: «воз» (первые буквы слова «возмутитель») и ссылке в вечные каторжные работы на Нерчинские рудники.

Далее следовали осужденные к наказанию кнутом и ссылке в Сибирь на вечное поселение: Е. Калистратов, А. Великанов, П. Никонов, А. Пядин, Е. Политое и М. Чиворов. К наказанию плетьми осуждены были 55 крестьян, из них 42 подлежали ссылке в Сибирь на поселение и 13 — отдаче в рекруты. Отдаче в рекруты подлежали еще 87 наиболее здоровых и молодых крестьян, но без предварительного телесного наказания.

Особо были выделены Сенатом 14 крестьян. Половину из них наказали кнутом, а остальных — плетьми и сдали старостам для «водворения на прежние жилища». Было также приказано взыскать с приписных крестьян Заонежья свыше 8000 рублей для покрытия расходов по содержанию следственной комиссии и несколько сот рублей в пользу чиновников и служителей «за бесчестие».

Отзвуки Кижского восстания долго тревожили крепостников. Сохранившиеся источники позволяют сделать предположение, что отряд повстанцев, действовавший в лесах Заонежья осенью и зимой 1771 года, насчитывал 50–60 человек. В отряде находилось 16 активных участников восстания из Толвуйского погоста (Григорий и Анкудин Соболевы, Родион Марков, Нефед Кругляков), несколько крестьян из Типиницкой волости (Трифон Ригачин), из Великогубской трети (Дмитрий Арефьев) и др. Кроме того, к повстанцам примыкали беглые солдаты и рекруты. А в Заонежье из числа осужденных к сдаче в рекруты в бегах находилось 30 человек.

Для розыска и поимки повстанцев в июле 1771 года в Заонежье направился отряд солдат во главе с капралом Лукой Михайловым, а вслед за ним отряд прапорщика Лихачева. Населению было объявлено, что за сведения о местонахождении и за поимку повстанцев будет выдана награда по 5 рублей за человека.

Крестьяне Заонежья не только не имели желания оказывать помощь воинским командам, но предупреждали повстанцев об их продвижении. Долго повстанцы оставались неуловимы. Мы приходим туда, где только они были, но повстанцы «окажутся в других местах», — писал в своем рапорте один из начальников воинских команд. Повстанцы в лесах держали караул и знали о маршруте команд от сочувствующих им земляков. Как только опасность проходила, повстанцы «обращались на крестьянских своих пахотных работах.