Часть повстанцев направилась к домам московских аристократов. В доме советника А. Голицына на Тверской улице выбили стекла. Дворяне, оставшиеся в Москве, гасили свечи в домах, «будто никого и дома нет». Другие покидали свои дома, скитались, спасая свои жизни, по чужим углам. Ворота многих мануфактур были заперты, но рабочие небольшими группами с помощью разных хитростей и уловок выбирались из помещений и присоединялись к восставшим. Так поступили многие рабочие Суконного двора и других мануфактур.

Между тем основная часть восставших подступила к Кремлю. Они требовали выдачи Еропкина, стоявшего во главе московской власти после отъезда, или, скорее, бегства, Салтыкова в Марфино. Протоиерей — профессор Петр Алексеев сообщал, что «толпа просила выдать с руками Еропкина; а ежели не будет выдан, то грозила страшными бедами всему столичному городу и потрясением разорительным государству». Но в Спасских, Никольских и Боровицких воротах по приказу Еропкина поставили пушки и воинские команды. Троицкие (Вознесенские) ворота заперли затворами и железными спускными решетками.

Еропкин выслал на Красную площадь обер-коменданта, который пытался уговорить восставших разойтись, прекратить «бунт». В ответ посыпался град камней, обер-коменданта «чуть… до смерти каменьями не убили». Тем же кончилась попытка бригадира Мамонова. Он, по словам Еропкина, «для того же увещания приезжал», но ему «чрезвычайно разбили голову и лицо».

Восставшие направились к Спасским воротам, а стоявшую тут воинскую команду забросали камнями и кольями. Ее командир Саблуков так писал потом своему отцу о последующих событиях: по восставшим выстрелили «один раз из пушки картечью, и, несколько убив, остальных тотчас разогнали штыками, и потом несколькими выстрелами очистили от сих бунтовщиков всю Красную площадь». Восставшие разбежались, солдаты ловили их по улицам, убивая направо и налево.

Но восстание еще не было подавлено. Утром 17 сентября восставшие числом более 1000 человек вновь приступили к Спасским воротам. Они потребовали, по донесению Салтыкова, выдачи гвардейского офицера, «называя переметчиком, с которым они обо всем говорили», очевидно, накануне. Этот офицер, возможно, чтобы успокоить восставших, давал им какие-то обещания, которые, конечно, не были выполнены, иначе повстанцы не называли бы его «переметчиком». Далее участники движения «открыто требовали отдать им всех взятых товарищей» — арестованных во время погрома 16 сентября. Последние находились «под караулом», т. е. под стражей, в Кремле.

Другие требования заключались в том, чтобы не брать никого в карантины, уже взятых выпустить из них, сами карантины уничтожить и открыть общественные бани. Но восставших быстро рассеяли. По приказу Еропкина конная команда с обнаженными палашами напала на них с тылу. Вернувшийся к этому времени в город генерал-губернатор Салтыков выслал на Красную площадь Великолуцкий полк. Солдаты убивали, рубили и хватали восставших по окрестным площадям и улицам. Народ разбежался. Восстание в столице было потоплено в крови.

Екатерина II и правительство принимали энергичные меры. В Москву прибыли подкрепления — четыре лейб-гвардейских полка. Нерасторопного Салтыкова заменили Еропкиным, которого за решительные действия против восставших наградили орденом. В город из Петербурга приехала для следствия и суда генеральная комиссия во главе с генерал-прокурором Всеволожским. В Москве возобновились облавы и аресты — искали участников восстания, раненных или «поцарапанных».

По окончании следствия и подписания в начале ноября приговора Екатериной II в Москве произвели 11 ноября экзекуцию над активными участниками восстания. Четырех человек повесили: дворового Василия Андреева и купца Ивана Дмитриева, как инициаторов расправы с Амвросием, — у стен Донского монастыря; на Красной площади — Алексея Леонтьева и Федора Деянова.