К этому времени в Коломенское и вокруг него стянули большое количество войск, придворных и их холопов; их общее число составляло не менее 6–7 тыс. человек, возможно, даже больше, до 8-10 тыс. Собранных сил было вполне достаточно для расправы с повстанцами. Алексей Михайлович резко изменил тон и вместо продолжения разговоров с ними «тихим обычаем» дал сигнал начать резню. Восставших убивали и ловили в Коломенском, его окрестностях, на всех дорогах между селом и столицей, под стенами Земляного города. Атмосфера расправы хорошо передается в сообщениях современников. По Котошихину, «царь, видя их злой умысел, что пришли не по добро и говорят невежливо, з грозами, и проведав, что стрелцы к нему на помочь в село пришли, закричал и велел… тех людей бити и рубити до смерти и живых ловити. И как почали их бить…. почали бегать и топитися в Москву реку…». Собакин говорит, что после того, как восставшие «указу великого государя учинилися непослушны», Алексей Михайлович велел их «имать и вязать и сажать в столовую избу, а иных велел побивать до смерти», «сечь и рубить их без милости, имавши их, вешать». В результате расправы «многих черных людей и бунтовщиков и всяких вольных людей в селе Коломенском побили и перевешали». Солдат полка А. Шепелева, участвовавших в восстании, царь «велел тоже рубить до смерти и, имавши, вешать и в реках топить и в болотах безо всякия милости и пощады».

В прибавлениях к Новгородской III летописи сообщается, что царь велел «воров» казнить, вешать и топить в Москве-реке; «тогда не точию чернь погубляху, но и всяк народ, смотрелщиков, множество разного народа погибло… А после многих невинных яша мужей и жен, в струги садиша и дны прорубаше и тако топиша». В летописце из Публичной библиотеки им. Салтыкова-Щедрина говорится, что «бунтовщиков московские стрелцы побили и в Москве реке потопили». По словам автора-летописца 1624–1691 гг., московские стрелецкие полки «обьедоша мятежников кругом и повелением царевым всех мечю предаша, овых в поле бежащих, иных же чрез реку пловущих конницею, боярскими людми побиени и утоплени быша»; расправа была столь массовой и жестокой, что автор, сильно преувеличивая, заканчивает: «и ни един от них убеже, вси погибоша». Таким образом, современники говорят именно о массовой резне и диком погроме, учиненном властями в Коломенском, Москве и их окрестностях.

После подавления бунта к следствию в розыскных комиссиях в общей сложности было привлечено более 1700 человек, из них около 1500 арестованных и около 240 свидетелей. Из общего числа арестованных к различным казням было приговорено 30–32 человека. Большая часть арестованных — свыше 1400 человек — была сослана.

В ходе розыска пытали 196 человек, 180 из них получили в общей сложности 3896 ударов. Эти цифры не являются исчерпывающими, так как не все допросы арестованных и, вероятно, свидетелей сохранились. Картина следствия, которая вырисовывается достаточно отчетливо, хотя и неполно, из материалов сыска, дополняется показаниями современников. Так, Г. Котошихин сообщает, что, помимо пыток, казней (отсечение рук и ног, пальцев), ссылок, «иных, бив кнутьем, и клали на лице на правой стороне признаки, розжегши железо накрасно, а поставлено на том железе «буки», то есть бунтовщик, чтоб был до веку признатен».

Всего в результате подавления восстания было убито, потоплено, повешено и арестовано не менее 2,5–3 тыс. человек.

Правительство, конечно, оказалось в состоянии подавить недовольство своих подданных, но ненадолго. Уже через четыре года протест задавленного нуждой народа начинает прорываться наружу (поход Василия Уса 1666 г.) и выливается затем в грандиозный пожар Крестьянской войны под руководством Степана Разина.