Конфликт полномочий между Гиммлером и Дарре наметился летом 1936 года. С этого времени рейхсфюрер СС решил сам проводить селекцию немцев с целью создания расы господ. Гиммлер пошел гораздо дальше Дарре, говорившего о том, что утопическим идеалом Германии являются семьи оседлых немецких крестьян: рейхсфюрер выдвинул идею о «боевом крестьянстве», которое было бы в состоянии само завоевать себе земли на Востоке. Разлад был предопределен, а повод быстро нашелся: Дарре подверг критике рукопись «Германская история» Хайнара Шиллинга, а этот исследователь рун пользовался большим авторитетом у рейхсфюрера СС. Намечавшийся скандал удалось замять только при решительном вмешательстве Вольфрама Зиверса. В ноябре 1936 года «Аненербе» перешло под непосредственный контроль адъютанта Гиммлера, причем кабинет «аграрного папы» Дарре продолжал исправно финансировать все проекты «Наследия предков».

Германа Вирта вполне устраивало намерение рейхсфюрера превратить институт в научный центр СС, хотя такая возможность и не была предусмотрена в уставе его организации. Однако для претворения решения в жизнь у «Аненербе» не хватало научно подготовленных кадров и квалифицированных специалистов. Непризнанный наукой Герман Вирт мало способствовал их появлению. Гиммлер прекрасно осознавал это, и отставка профессора была лишь вопросом времени.

В тот период Вирт работал не только как президент «Аненербе», но и как руководитель Отдела письменности и символики. Там он продолжал свои прежние исследования культовой утвари, одежды и украшений. По инициативе Вирта был даже разработан проект мастерской, в которой предполагалось изготавливать дубликаты наиболее ценных экспонатов. Позднее Вирт планировал создать киностудию, чтобы в специальных декорациях снимать фильмы о древних германцах. Кроме того, он предпринял экспедиции в Скандинавию: первая из них состоялась осенью 1935 года, вторая – в августе 1936 года. Участники экспедиции копировали наскальные знаки, после чего Вирт изучал петроглифы в Берлине.

Когда-то Гиммлер еще надеялся, что Герман Вирт обретет признание в академических кругах. Но время шло, и он убедился, что все предыдущие теории профессора основаны на бездоказательных утверждениях. В сентябре 1936 года Гиммлеру сообщили, что Вирт закончил рукопись книги под названием «Одал» – своего рода путеводитель по источникам и письменным памятникам, которые затрагивали языческий обряд «одал». Вирт клятвенно утверждал, что книга имеет сугубо научный характер. Но профессор перестарался: Гиммлер не поверил, что один человек в течение двух месяцев мог написать книгу объемом в шестьсот страниц. Подозревая, что Вирт просто водит его за нос, рейхсфюрер принял решение отделаться от него и дал понять, что отныне президент «Аненербе» не имеет права вести какую-либо переписку или переговоры без предварительного согласования. На протесты профессора Гиммлер заметил, что президент сам нарушал не только дисциплину, но и устав. Желая доконать провинившегося исследователя, Гиммлер отдал приказ изолировать его от любых профессиональных контактов. Идеи Вирта о киностудии и ландшафтных реконструкциях были провозглашены политически бессмысленными.

11 марта 1937 года Генрих Гиммлер решил, что «Аненербе» нуждается в реформировании. Президентом был назначен талантливый индогерманист и ветеран Национал-социалистической партии Вальтер Вюст.