В восемнадцать лет Ференц Ракоци II женился на Шарлотте-Амалии Гессенской (из Рейнфальдской линии). Это произошло в 1694 году. От этого брака было четверо детей: Липот-Дьёрдь (1696–1700), Йожеф (1700–1738), Дьёрдь (1701–1756) и Шарлотта (1706—?).

Некоторые полагают, что именно Липот-Дьёрдь, старший сын Ференца Ракоци II, и стал графом Сен-Жерменом. Однако достоверно известно, что мальчик умер четырех лет от роду. И тут возникает довольно странная версия. Год рождения Ференца совпадает с годом смерти его отца Ференца Ракоци II. Отсюда делают вывод, что смерть эта была инсценирована и что сын и отец — это одна и та же личность. Инсценировать свою смерть ему якобы помог верный его секретарь Келемен Микеш (1690–1761), разделивший со своим господином судьбу изгнанника, а впоследствии ставший крупнейшим венгерским писателем XVIII столетия, автором знаменитого эпистолярного памятника — мемуарной «почтовой прозы» «Письма из Турции», адресованной к несуществующей венгерской графине. Либо малолетнего наследника Ракоци укрыли в надежном месте и отдали под надзор верных людей.

О том, что граф Сен-Жермен был сыном Ференца Ракоци II, писал хорошо знавший графа ландграф Гессен-Кассельский. Есть свидетельства и о том, что сам Сен-Жермен признавался, будто является сыном князя Ракоци. Однако он не говорил, что был сыном именно Ференца Ракоци II, и не упоминал двоих своих братьев. Да и случаи, когда граф Сен-Жермен использовал имя Ракоци, достоверно не установлены. Как писал исследователь биографии графа Сен-Жермена Б. М. Цырков, «какую-либо связь графа Сен-Жермена с домом Ракоци нельзя установить никакими доступными историческими сведениями или же имеющимися документальными свидетельствами, даже если эта идея и кажется привлекательной некоторым исследователям…». Однако он не отрицает возможность подобной связи.

Существует еще одна версия о происхождении если не самого графа Сен-Жермена, то его имени: якобы некто купил имение Сен-Жермен в итальянском Тироле, заплатил папе за титул и стал графом Сен-Жерменом.

Ландграф Гессен-Кассельский писал в мемуарах, что Сен-Жермена, сына князя Ракоци, еще мальчиком отдали на попечение в семью герцога Джиованни Медичи. По примеру своего брата, названного Сан-Карло, он стал сам себя именовать Святым Братом — Sanctus Germano.

Об этом же говорит и историк Чезаре Канту. Он пишет: «Маркиз Сан Жермано, по всей вероятности, сын князя Ракоци из Трансильвании; он часто бывал в Италии; несть числа рассказам о его путешествиях по Италии и Испании; он пользовался большой поддержкой последнего великого герцога Тосканского, у которого и получил образование». Автор добавляет, что Сен-Жермен учился в университете г. Сиены.

Многие авторы, относившиеся к графу Сен-Жермену неблагожелательно, окутывали ореолом таинственности и тот факт, что Сен-Жермен был очень богат. Они намекали, что деньги он получал нечестным путем. Кое-кто даже утверждал, будто он обманывал людей и выманивал у них деньги с помощью своих сверхъестественных способностей. Но есть совершенно определенная информация, проливающая свет на источник его доходов от огромного наследства, доставшегося ему по завещанию. Исполнителями этого завещания назначались герцог Бурбонский, герцог Мэнский и граф Шарлеруа из Тулузы. Их опеке будто бы и доверил князь Ракоци своего третьего сына, которому оставил немалые средства. Поэтому несостоятельны все домыслы, по которым Сен-Жермена пытались представить бездомным бродягой и безденежным авантюристом, ищущим богатых и доверчивых людей с целью выманить у них их состояние. Подобные домыслы часто мелькали в газетах того времени.

Сам он говорил, что доказательства о его происхождении «находятся в руках особы, от которой он зависит (то есть от австрийского императора), и эта зависимость всю жизнь довлеет над ним в виде постоянной слежки…».