Участвовал в войне с Врангелем, затем с фон Унгерном в Монголии. Пленил фон Унгерна. Работал в Управлении пограничных войск, инспектором Государственной военной охраны. Убит в Монголии при неясных обстоятельствах.

После подписания Турцией Мудросского перемирия 1918 Исмаил Энвер-паша бежал в Германию на немецкой подводной лодке. В его отсутствие послевоенный трибунал в Стамбуле судил Энвера и заочно приговорил его к смертной казни.

В 1919 Энвер встретился в Германии с коммунистом Карлом Радеком. Он решил использовать контакты между немецкими военными и российскими большевиками с целью организовать в Средней Азии борьбу против Великобритании.

К этому времени союзники узнали, кто скрывается под псевдонимом Али-бей. Энверу грозило судебное преследование за организацию армянской резни 1915 года. Помогли друзья из Советской России — в начале 1920 отправили Энвера-пашу и несколько офицеров из его окружения самолетом из Берлина в Москву.

Более полутора лет Энвер работал в Москве, в Обществе Единства Революции с Исламом. Советское правительство думало использовать его для окончательного присоединения Средней Азии. Энвер-паша выступал с проектом «Мусульманского союза» (или «Мусульманского революционного общества») и предлагал советскому правительству помощь в привлечении басмачей Средней Азии на сторону советской власти.

При поддержке советских властей в середине 1921 Энвер прибыл в Бухару вместе с советскими представителями. С ним прибыли два турецких офицера — полковник турецкой армии Ходжа Сами-бей и капитан артиллерийских войск Абдул Кадыр Мухиддин-бей.

После консультаций с местными властями Бухары и с правительством БНСР, он написал в Москву письмо с требованиями уважения независимости БНСР и вывода войск Красной Армии с территории Бухары.

В конце октября 1921 Энвер взял на себя миссию объединения отрядов басмачей, создания Пантюркистского государства, и «освобождения Средней Азии от красных империалистов».

Преданный идеалам пантюркизма, он планировал, используя военные силы басмачей, пропаганду пантюркистских идей и возможную помощь находящегося в Афганистане Джемаль-паши, создание независимого Единого Тюркского государства, куда вошли бы Бухара, Хива и Туркестан (Советский и Китайский). В перспективе к данному государству должна была присоединиться и Турция.

Для этого Энвер-паша с отрядом в 90 человек, в числе которого были и турецкие офицеры, тайно двинулся в Восточную Бухару, переговариваясь с лидерами басмаческих отрядов.

Энвер-паша был женат на племяннице турецкого султана Абдул-Хамида II. Поскольку турецкий султан считался тогда халифом всех мусульман, Энвер-паша имел титул «зять халифа». Все правоверные придавали этому большое значение. Местное население готово было поддержать Энвер-пашу как «справедливого эмира». Однако местная феодальная аристократия, как и курбаши (командиры отрядов басмачей, в основном представители местной феодальной и племенной аристократии) опасались усиления авторитета Энвера среди низших слоев населения.

Командиры басмачей во главе с Ибрагим-беком Локаем встретили Энвера крайне недоверчиво; его отряд был разоружен, сам Энвер был помещен фактически под арест.

Бывший эмир Сейид Алим-хан, находившийся в эмиграции в Афганистане, стремился вернуть себе утраченную власть при помощи басмачей, снабжая их оружием и добровольцами. Он рассчитывал использовать авторитет Энвер-паши, его военный опыт. С этой целью Сейид Алим-хан распорядился освободить Энвера из-под ареста и назначил его своим наместником (наибом).

С тех пор Энвер носил титул «Главнокомандующего Вооруженными силами ислама и наместника эмира Бухарского». На личной печати Энвера-паши была выгравирована надпись: «Верховный Главнокомандующий войсками Ислама, зять Халифа и наместник Магомета».