Еще несколько времени спустя Алексий был хиротонисан в епископа Чистопольского и назначен ректором Казанской духовной академии. Это была та самая Академия, где бывал в 1903—1904 году Распутин и произвел на ее учащихся очень сильное и благоприятное впечатление. О том факте, что Распутин появился в Академии, ректором которой был епископ Алексий, никто из биографов крестьянина не писал, хотя предположение о том, что Алексий мог помнить Распутина и поэтому заинтересовался его делом, представляется вполне логичным. А в Казани, как следует из уже цитировавшихся воспоминаний епископа Тихона (Троицкого), с Распутиным все было «all right».

С 26 марта 1905-го по 5 ноября 1910 года Алексий занимал Симферопольскую кафедру, на которой его сменил не кто иной, как епископ Феофан (Быстрое). Перевод во Псков из Симферополя, где на богослужениях владыки присутствовала Царская Семья, был, безусловно, понижением. И пускай даже причиной тому была связь с женщиной, однако с «сектантством» епископа не все так однозначно. Покровителем сектантов, «безобразным по телу, а еще более по душе», «жестоким, неверующим духовным лицом» называл епископа Алексия небезызвестный Илиодор, в чьих устах логика таких поступков очевидна: покровитель хлыстов, развратный и жадный человек помог такому же развратному и жадному хлысту. Однако в современной биографии Алексия о его пребывании в Псковской епархии говорится иначе: «Неоспорим тот факт, что епископ Алексий был удален с Псковской кафедры в Тобольск вследствие вскрытия в Пскове иоаннитов, но это вовсе не означает, что преосвященный ради корысти дал возможность развиваться иоаннитам в Воронцовском Благовещенском монастыре. Иоанниты сами по себе представляли секту, а сектанты, в большинстве случаев – люди скрытые и вполне возможно, что они не были замечены епископом Алексием именно потому, что держали свое учение в тайне. Возможно, что епископ Алексий, как простодушный человек, принимал какие-нибудь подарки от иоаннитов, не замечая за последними худых намерений, и сам не имел при этом никакой корыстной цели. А на благотворительность в целях прикрытия самих себя сектанты, как известно, очень способны».

Таким образом, епископ Алексий предстает в различных источниках человеком либо излишне простодушным и доверчивым, либо, напротив, очень хитрым и быстро сообразившим, какую выгоду можно из Тобольской епархии извлечь.

В пользу второго варианта приводит аргументы С. Фирсов:

«Слухи о близости "старца" к епископу Алексию отмечали и составители официальной справки о Распутине, вероятнее всего подготовленной чинами департамента полиции в первой половине 1913 г. Из документа следовало, что родной брат владыки Алексия отец Николай Молчанов в марте 1913 г. получил назначение священником в село Покровское, где диаконом состоял муж племянницы епископа; оба постоянно посещают дом Распутина. Таким образом, причт Покровского перестал быть опасен Григорию – теперь там служили преданные ему люди.

Уже эти факты говорили о степени влияния "старца", сумевшего с помощью "верного" архиерея закрыть дело и, вероятнее всего, протежировавшего владыке при назначении экзархом.