Как видно из постановления Стоглава, высшие монастырские чины только формально избирались митрополитом, архиепископами и епископами, тогда как последнее слово здесь принадлежало царю, фактически на тот момент Избранной Раде и ее вождям Сильвестру и Адашеву, которые получали возможность таким способом сажать в монастыри на командные посты своих людей, облегчая тем задачу реформирования, а точнее сказать — уничтожения традиционного монастырского уклада в России.

Ту же цель, как нам думается, преследовало, несомненно, навязанное Стоглавому собору решение, изымавшее у монастырей право самостоятельно распоряжаться собственными финансами: «А монастыри и казну монастырскую, и всякие обиходы монастырскые царя и великого князя дворетцкым по всем монастырем ведати и посылати считати и отписывати, и отдавати по книгам архимандритом и игуменом, и строителем с соборными старци в коемждо монастыре». Избранная Рада и ее лидеры, державшие в своих руках нити управления государством, могли через дворецких контролировать денежные расходы монастырей, лишая их свободы хозяйствования и, в конечном счете, подчиняя светской власти.

Возникает вопрос, по какой причине правительство Избранной Рады нанесло удар в первую очередь по монастырям? В исторической литературе бытуют разные мнения на сей счет. Б. Д. Греков, например, замечал, что «растущее централизованное государство проявило максимум стараний к тому, чтобы расширить свои военные кадры и обеспечить армию землей. Созданы были новые тысячи землевладельцев, далеко не всегда имевших возможность удовлетворять свои растущие потребности». Ради удовлетворения этих «растущих потребностей» и предприняты были меры, которые «несколько затруднили дальнейшее расширение монастырских земельных владений».

По мнению Б. А. Романова, как в Судебнике 1550 года, так и в «приговоре» 11 мая 1551 года «все должно было быть пересмотрено под углом зрения ликвидации последствий боярского правления». При этом основной проблемой здесь являлось «обуздание владычного, и особенно монастырского, безудержного и бесконтрольного, напора на земли всего светского сектора вотчинного землевладения безотносительно к калибрам и общественному положению его представителей вплоть до детей боярских и даже «всяких людей». Б. А. Романов не жалеет черных красок, говоря, что «монастырский ростовщический капитал» выступал «в совершенно разнузданном виде, как грызун, принявшийся точить оборонный земельный фонд государства по линии простого кредита».

Согласно И. И. Смирнову, меры «правительства Ивана IV» середины XVI века в отношении земельной собственности монастырей обусловливались стремлением разрешить три задачи: 1) остановить монастырскую экспансию в земельном вопросе; 2) поставить под правительственный контроль дальнейший рост монастырского землевладения; 3) свести «на нет те успехи, которые сделало монастырское землевладение за годы господства княжеско-боярской реакции». Осуществлялось это в интересах дворянства.

«Обширные земельные владения, за неприкосновенность которых ратовали осифляне, — писал С. В. Бахрушин, — привлекали внимание бояр, которые мечтали за счет церковных земель удовлетворить интересы дворян». К чести автора надо сказать, что ему удалось преодолеть узкосословный подход при объяснении причин наступления на монастырское землевладение и льготные права монастырей, предпринятого правительством Избранной Рады, и взглянуть на проблему шире, в плане реформирования церковной организации как таковой: «На Стоглавом соборе правительство выступило с законченной программой реорганизации церкви в духе нестяжательских учений.