В то время как Гюстав борется с химерами, его мудрый и спокойный брат Ашиль защищает в Париже диссертацию по медицине и некоторое время спустя женится. Он не задает себе вопросов, его путь ясен, родители гордятся им. Гюстав больше не судит его. Этот человек не является частью его мира. Не представляя себе, чем будет заниматься в дальнейшем, он в октябре 1839 года поступает в класс философии. Преподаватель философии г-н Малле видит его способности, отметив первым в сочинении. Гюстав втайне польщен, однако Эрнесту Шевалье он, как и должно, пишет небрежно: «Смех! Мне – пальмовую ветвь за философию, за мораль, за рассуждение, за добрые принципы! Ха! Ха! шутник! вы сшили себе прекрасное манто из бумаги, исписанной длинными, неинтересными, плохо построенными фразами». Между тем на школьных скамьях колледжа готовится буря. Господин Малле, который не отличается строгим отношением к своим ученикам, заменен неким господином Безу. Ученики, которые любили и уважали господина Малле, бунтуют. Чтобы восстановить порядок, господин Безу требует наказания для всего класса: переписать тысячу стихотворений. Ученики во главе с Гюставом составляют петицию против нового преподавателя. Наставник наугад выбирает трех «непокорных» и угрожает изгнать их, если они не прекратят неповиновение. Среди намеченных жертв – Гюстав Флобер. Он пишет тотчас второе письмо – протест, под которым подписываются двенадцать товарищей. Он чувствует себя главарем мятежа, он сражается с несправедливостью, он выступает против глупости административной власти, которая характерна для любого буржуазного общества. Однако директор, которому наставник передал письмо, считает наказание необходимым. В декабре 1839 года, чтобы избежать угрозы отчисления за дерзость, доктор Флобер забирает сына из колледжа.

Гюстав готовится сдавать экзамены на степень бакалавра один, дома. Чтобы помочь ему в работе, Эрнест Шевалье, который старше на год, передает ему записи и задания, которые когда-то делал сам во время учебы в классе философии. Гюстав разочарован и устал. «Ты не представляешь себе, как я живу, – пишет он 7 июля 1839 года Эрнесту Шевалье. – Каждый день встаю в три утра, ложусь в половине девятого; работаю весь день. И впереди целый такой месяц. Не соскучишься. К тому же нужно корпеть и корпеть… Мне нужно научиться читать по-гречески, выучить наизусть Демосфена и две песни из „Илиады“, философию, в которой я блистаю, физику, арифметику и часть очень скучной геометрии. Все это жестоко для такого человека, как я, который создан скорее для того, чтобы читать маркиза де Сада, нежели для подобных глупостей! Думаю сдать экзамены, а что потом…» Переутомленный, измученный, одинокий, он страдает оттого, что живет в отдалении от друзей, оттого, что у него нет женщин. Им овладевают приступы чувственности. Он пишет в «Воспоминаниях, заметках и интимных мыслях»: «Кто захочет меня? Это должно было уже произойти, ведь мне так нужна любовница, ангел… О, женщина – это нечто прекрасное! Я люблю мечтать об очертаниях ее тела.