После капитуляции Меца армия врага двигается на Компьен, потом на Нормандию, чтобы захватить территорию в Нижней Сены. Маневр понятен. Руан будет захвачен врагом. «Полтора месяца как мы со дня на день ждем прихода господ пруссаков, – пишет Флобер Жорж Санд. – Напрягаем слух, надеясь услышать издалека пушечные удары. Они держат Нижнюю Сену – пятнадцать лье в округе… Какой ужас!.. Краснею оттого, что я человек… В голову приходят избитые фразы: „Франция воспрянет! Не надо отчаиваться. Это спасительная кара! Мы, в самом деле, были слишком безнравственными! И пр.“ О! Вечная ложь! От подобного удара не оправляются! Мой бедный мозг не в состоянии с этим справиться… Литература кажется мне тщетной и бесполезной вещью. Смогу ли когда-либо заниматься ею?.. О! Если бы я мог бежать в страну, где нет мундиров, где не раздается бой барабана, где не говорят о резне, где не надо быть гражданином! Но на земле больше нет места для бедняг-мандаринов».

5 декабря отказавшийся защищаться Руан оккупирован немцами. Флобер тотчас уезжает из Круассе к матери в город. До этого он попросил служанку Жюли зарыть в саду самые ценные свои бумаги, среди них рукопись «Искушения святого Антония». В доме на постое семеро солдат, трое офицеров и шесть лошадей. «До сих пор мы не могли жаловаться на этих господ. Но какое унижение! Какое разорение! Какое несчастье! – пишет Флобер Каролине. – Время, свободное от беготни по поручениям господ пруссаков (вчера я три часа ходил для них за сеном и соломой), мы тратим на то, чтобы узнавать друг о друге, или каждый в своем углу плачем». В Руане он спит в бывшей комнате племянницы и с кровати слышит, как храпят два немецких солдата в соседней туалетной комнате. Мать его все больше слабеет, она может ходить по комнате, только опираясь на мебель. Она нуждается во внучке, которая все еще в Лондоне. Эрнест Комманвиль так же настаивает на том, чтобы жена вернулась. Ашиль входит в состав муниципального совета, что прибавляет ему работы и забот. Только что войска принца Мекленбургского подоспели на помощь войскам Мантефеля. Для Флобера это «равнозначно второму вторжению». Он едет в Круассе, констатирует, что больших повреждений нет, однако переживает, увидев на своей кровати остроконечные каски. «В каком состоянии я найду свой кабинет, книги, заметки, рукописи? – спрашивает он Каролину. – Я смог спрятать только бумаги моего „Святого Антония“. Хотя у Эмиля есть ключ от моего кабинета, но они просят его и часто заходят туда за книгами… Мы приближаемся к началу конца… Бедный Париж не сможет перенести длительную бомбардировку».

Между тем правительство, оказавшееся в Туре под угрозой, переехало в Бордо, так как были разбиты две Луарские армии, а Северная армия обратилась в бегство. 18 января 1871 года в зеркальной галерее Версаля король Пруссии провозглашен императором Германии. 28-го числа того же месяца ослабленный, находящийся под постоянной бомбардировкой, голодающий Париж принимает условия победителей. В ожидании окончательного мира заключается перемирие.