Постепенно в Москве исчезает поколение немецких профессоров: большая их часть не переступает рубеж 1812 г. Некоторые умирают, некоторые возвращаются на родину. Российские разночинцы идут в профессоры часто, чтобы служить за жалование, как чиновники в других местах. Встает вопрос профессорского воспроизводства. Одни ученые должны успевать передавать свои знания другим, чтобы процесс образования шел дальше.

12 марта 1801 г. на престол взошел император Александр I, по указу которого было учреждено министерство народного просвещения. В его подчинение от Сената перешел Московский университет.

24 января 1803 г. были приняты „Предварительные правила народного просвещения”. Россия делилась на шесть учебных округов, во главе которых должны были встать университеты – как существующие, так и намеченные к основанию. Московский университет получил право руководить работой всех школ и осуществлять цензуру книг в подведомственном учебном округе, избирать ректора и деканов, а также возводить в ученые степени кандидата, магистра и доктора наук. Должности директора и кураторов упразднялись, посредником между университетом и министерством народного просвещения являлся попечитель учебного округа.

5 ноября 1804 г. император Александр I утвердил Устав Московского университета. Согласно нему в университете учреждалось четыре отделения (факультета), соединявшие вместе 28 кафедр. На всех членов университета распространялось право внутреннего суда. „Все, что Университет для употребления своего по учебным и художественным предметам выписывает из чужих краев, как то: инструменты, книги, машины всякого рода и всякая художественные вещи, дозволяется привозить беспрепятственно и беспошлинно, как морем, так и сухим путем, и во избежание каковаго-либо вреда пограничная Таможня не вскрывает ящиков, Университету адресованных, но приложа клейма, при сообщении пропускает далее с тем, чтобы оные в самом Университете в присутствии Магистратского Члена вскрыты и освидетельствованы были…

Иностранные Чиновники Университета могут выехать за границу без всякого с имущества их в казну взыскания. При въезде в Государство предоставляется право каждому из них в первый раз привезти с собою, или по приезде выписать, пожитков или вещей в собственность ценою до 5.000 рублей беспошлинно…

Ординарные Профессоры Университета состоят в 7 классе; Профессоры Экстраординарные, Адъюнкты и удостоенные Университетом Доктора в 8 классе, Магистры в 9, Студенты-Кандидаты в 12 классе. Студенты, по принятие в Университет имеют право носить шпагу, и отличившиеся успехами в науках и похвальным поведением при вступлении в службу получают чин 14 класса. Ректор состоит в 5 классе…

Всякой Профессор и Адъюнкт, беспорочно и усердно в звании своем 25 лет прослуживший, будет почтен именем заслуженного; нежели пожелает оставить свое место, годовой его оклад обращается в пенсию по смерть из суммы Университетской, которою может пользоваться, жительствуя где заблагорассудит, в Государстве или вне оного… Вдовы Профессоров, Адъюнктов и Учителей и малолетные их дети имеют получать единовременно годовое жалованье умерших, или сверх того и пенсию… Когда вдова вступает в новый брак, то пенсию производить детям, которая прекращается, когда последнему из них исполнится 21 год, или когда и прежде 21 года, дочери выдут в замужество, а сыновья определены будут в службу…”

В июне 1805 г. профессор Страхов впервые в России произвел эксперимент, связанный с проверкой электропроводимости земли и воды. Электрический ток пропускался им с одного берега Москвы-реки на другой.

6 августа 1809 г. издан указ об обязательном государственном экзамене, который производился по университетской программе для производства в чин коллежского асессора и статского советника.