Мефодий успешно начал свою деятельность на новом поприще. Он поселился в г. Мосбурге у Блатенского озера. Однако через какое-то время против него резко выступил епископ Зальцбурга, считавший, что Паннония находится в его юрисдикции. В 871 году он приказал заточить Мефодия в тюрьму в Швабии, и тот просидел там два с половиной года. Только новый папа римский Иоанн VIII в 874 году освободил Мефодия из тюрьмы, куда его абсолютно незаконно упрятал епископ Зальцбурга. Незаконно уже хотя бы потому, что Паннония, как часть Иллирии, находилась в прямой юрисдикции Рима.

После освобождения из заключения Мефодий вернулся в Моравию, поселился в Велеграде и продолжил свою миссионерскую деятельность. Он не ограничился Моравией и пропагандировал христианство в Краковской Польше и в Чехии. Семена этой пропаганды, как пишут историки, попадали и в Словакию и в Прикарпатскую Русь (Угорскую и Червонную), а также в Сербию и в Словению.

Верный слуга немцев узурпатор-князь Святополк преследовал Мефодия и посылал на него доносы папе. В 879 году Мефодий был вызван к папе в Рим, где его допросили на собрании епископов. Папа объявил ему решение – архиепископ моравской церкви Мефодий признан «православным во всех церковных учениях». Его возвратили в Моравию. Святополк поставил викарным епископом в городе Нитру немца Вихинга. Мефодий чувствовал приближение кончины и торопился завершить перевод священных книг. Скончался Мефодий 6 апреля 885 года. Немецкий приспешник Святополк изгнал последователей Мефодия из Моравии, а папа римский его поддержал. Он писал о Мефодии: «…его мы совершенно отвергаем».

Христианское учение, распространявшееся Кириллом и Мефодием, привилось в Болгарии. Царь Борис не желал зависеть от Византии. Он не подчинялся и папе римскому. С помощью учеников Мефодия он развил активную просветительскую деятельность на славянском языке. Дело Бориса продолжил его второй сын Симеон. В 899 году он поставил епископом святого Климента. Святой Климент подготовил достойных людей и многочисленных священников, диаконов, чтецов. В 907 году болгарский царь Симеон прекратил церковную зависимость от Царьграда. Он объявил Доростольского митрополита Леонтия патриархом болгарской церкви. Но золотой век православной национальной культуры Болгарии был недолговечным. Болгария снова попала под власть Византии.

Из Моравии христианство распространилось в Чехию (Богемию). Однако оно там продержалось не очень долго – католичество, год от года набиравшее силу, вытеснило православие из Чехии. Последней пала Сазанская православная обитель. Это было в 1097 году. То же самое происходило в Польше. Уже в 1025 году король Мечислав II изгнал из Польши последних православных священников и монахов. В «Истории русской церкви» Н. Тальберг писал: «Для судеб России было особенно важно, что великое дело святых Кирилла и Мефодия закрепилось и развивалось в самой близкой к ней Болгарии, передавшей ей православную славянскую культуру». Мы не согласны с этим мнением. Все факты говорят за то, что на Русь пришло не то православие, которое проповедовали Кирилл и Мефодий и которое было достаточно близким к истинному учению Христа. К сожалению, это учение в Россию не попало. Для князей более удобным было византийское православие. Но и его очень сильно исказили, заменив проповедуемую Христом любовь на всеобщий страх божий.