Вступление Хуареса на пост губернатора вызвало радостное оживление в его родном селении Сан-Пабло-Гелатао. Здесь все его хорошо помнили и внимательно следили за его успехами. Неоднократно жители Гелатао обращались к нему за советом и помощью и всегда находили поддержку. На церемонию вступления Хуареса в должность губернатора прибыла большая делегация его односельчан — сапотеков из Гелатао. Они, соблюдая древнюю традицию, привезли ему в дар скромные продукты своего труда — кукурузу, фрукты, овощи, цыплят. Хуарес их принял как братьев, разместил у себя дома, обещал выстроить школу в Гелатао, что он вскоре выполнил.

Отвечая на приветствия индейцев, Хуарес сказал: «Я сын народа, и я не забуду этого. Более того, я намерен защищать его права и буду стремиться к тому, чтобы народ получил просвещение, чтобы он пробудился к сознательной жизни, завоевал себе счастливое будущее. Простые люди должны бороться с преступностью и нищетой, в которые их ввергли недостойные политиканы, провозглашающие себя на словах их друзьями и освободителями, но на деле являющиеся их самыми жестокими тиранами».

Кто же были эти жестокие тираны? Хотя Хуарес не назвал их по имени, все знали, что он имел в виду в первую очередь Санта-Анну и ему подобных предателей.

Первой заботой Хуареса-губернатора было поднять население на борьбу с американскими захватчиками, укрепить оборону штата на случай, если бы им вздумалось расширить военные действия на южную часть Мексики.

В отличие от умеренных либералов и консерваторов, жаждавших во что бы то ни стало на любых условиях подписать мир с агрессором, Хуарес был сторонником продолжения войны. В одном из своих выступлений перед ополченцами, шедшими на фронт, Хуарес говорил:

— Идите же в бой! Стойкость и мужество победят любого врага. Будем думать только о войне, если не хотим стать рабами захватчиков… Пусть весь наш гнев обратится против янки и предателей.

Хуарес организовал производство ружей в Оахаке. Учрежденный им арсенал даже смастерил пушку. По его указанию было издано и распространено среди населения руководство по партизанской войне, в котором давались указания, как создавать партизанские отряды и какой тактики придерживаться в борьбе с американскими захватчиками. Немаловажное значение имел и военный госпиталь, созданный заботами неутомимого губернатора.

Чтобы добыть средства на вооружение ополченцев, Хуарес заложил губернаторский дворец. Даже те, кто не разделял его либеральных взглядов, но выступал против оккупантов, признавали его огромный вклад в дело защиты родины в период войны с США. Один из них, консерватор Хосе Фернандо Рамирес, писал: «В условиях всеобщего уныния только штат Оахака держался стойко, последовательно и героически, представляя все фронту — войска и деньги».

Мексиканский народ хотел сражаться и сражался против янки, грабивших и терзавших его землю, как это некогда делали испанские завоеватели во главе с конкистадором Эрнаном Кортесом. В тылу американских войск действовали многочисленные партизанские отряды. В страхе сообщал в Вашингтон командующий оккупационными войсками в Новой Мексике полковник Прайс: «Кажется, что повстанцы поставили себе целью убивать каждого американца, находящегося в их стране, и каждого мексиканца, подчинившегося власти американского правительства».

Партизаны действовали не только в сельской местности, они устраивали смелые налеты на города.