Новый президент, не желая обострять отношения с левыми либералами, назначил Хуареса губернатором Оахаки. Хуарес принял назначение, надеясь превратить родной штат в опору прогрессивных сил страны. Революции в Мексике, как правило, начинались в штатах, а в Оахаке у власти все еще оставались агенты Санта-Анны, в их числе Максимо Ортис, некогда покушавшийся на дона Бенито. К тому же Хуарес вот уже три года как не виделся с семьей. Маргарита с детьми все еще находилась в Эгле, ведя очень скромную жизнь и стараясь никому не бросаться в глаза. Ведь все эти годы политические страсти были накалены и близкие Хуареса могли в любой момент оказаться жертвами распоясавшихся реакционеров.

В декабре 1855 года Хуарес в сопровождении небольшого отряда вооруженных сторонников перешел границу штата Оахаки. Весть об этом вызвала всеобщее ликование среди местного населения. В мгновение ока санта-аннисты были сметены со своих постов, бежали, попрятались или были убиты, как, например, тот же Максимо Ортис. Из Эгли, где он встретился с женой и детьми, Хуарес направился в город Оахаку, куда прибыл 10 января 1856 года, в тот же день приступив к выполнению обязанностей губернатора.

Задача стояла перед ним не из легких, но теперь он ясно себе представлял, какие вопросы предстоит решить в первую очередь. В штате Оахака, как, впрочем, и других провинциях Мексики, постоянно дислоцировались армейские части местного военного округа, командующий которыми подчинялся не губернатору, а непосредственно президенту республики. По приказу из столицы командующий этими войсками мог в любой момент направить их против местных властей, снять губернатора, разогнать провинциальную палату представителей. Эти армейские части состояли из солдат-наемников, недисциплинированных, всегда охочих к грабежу, к мародерству и, как правило, послушно выполнявших волю своих командиров. «Губернаторы, хотя и считались главами свободных, суверенных и независимых штатов, — отмечал Хуарес, — в действительности таковыми являлись только в теории. На практике они были пленниками местных командующих. Эта пагубная система государственного устройства, установленная в республике конституцией 1824 года, была одной из причин военных мятежей, которые столь часто вспыхивали после завоевания независимости».

Чтобы нейтрализовать эту враждебную силу, Хуарес приступил к организации Национальной гвардии, бойцы которой рекрутировались среди бедняцких слоев населения, ремесленников, крестьян — сторонников левых либералов. Оружием и амуницией их снабжал местный арсенал. В Институте наук и искусств Хуарес открыл специальные офицерские курсы для командного состава Национальной гвардии. На них учились студенты права и адвокаты, сторонники левых либералов, многие из которых впоследствии дослужились до генеральского чина. Запомним фамилию — Порфирио Диас. Метис, родом из микстекского племени, сын мелкого торговца, осиротевший в 12-летнем возрасте, Порфирио, как и Хуарес, вначале учился в духовной семинарии, а затем закончил юридический факультет Института наук и искусств. Участник войны против американских интервентов и сражений против Санта-Анны, в которых он заслужил чин лейтенанта, Диас по совету Хуареса закончил офицерские курсы, был произведен в капитаны и стал одним из командиров Национальной гвардии. Решительный, храбрый, хитрый, Диас, как и его брат Феликс, также вступивший в Национальную гвардию, стал одним из надежных сотрудников дона Бенито, которому тог полностью доверял.

Укрепив Национальную гвардию, Хуарес потребовал от Комонфорта ликвидировать военный округ в Оахаке и распустить или отозвать за пределы штата входившие в него военные части. Комонфорт не решился на столь радикальный шаг. Вместо этого он снял командующего округом, назначив Хуареса на его место. Теперь вся власть в штате была сосредоточена в руках Хуареса.