Действуя по их наущению, Сулоага отменил законы Хуареса и Лердо, вернул все права и привилегии духовенству, провозгласил себя верноподданным панского престола, за что удостоился личного благословения со стороны Пия IX.

Хотя в большинстве штатов, в том числе в таком важном стратегическом пункте, как Веракрус, порт которого являлся морскими воротами страны, сторонники Хуареса одержали верх, тот факт, что за Сулоагой стояла армия, что его признали иностранные державы и что он являлся хозяином столицы, давал ему значительный перевес над сторонниками конституционного правительства. Но Хуарес и его единомышленники были полны решимости продолжать начавшуюся борьбу до победного конца.

Стремясь не дать Хуаресу опомниться и мобилизовать силы левых, Сулоага направил ударную колонну верных ему войск под командованием генерала Осольо в сторону Гуанахуато. Это вынудило Хуареса и его правительство перебраться в Гуадалахару, где их настигло известие, что Осольо нанес при Саламанке поражение Парроди. Из 8 тысяч солдат у Парроди после сражения при Саламанке уцелело всего 2 тысячи, с которыми он поспешно отступил к Гуадалахаре, преследуемый победоносным Осольо.

Хуарес, получив известие о поражении Парроди, обратился с новым манифестом к народу, в котором писал: «Независимо от того, выиграем ли мы или проиграем нашу битву, погибнем ли мы в боях или падем от руки наемных убийц, священное дело, которое мы защищаем, непобедимо. Поражение при Саламанке всего лишь несчастный случай. Нас могут постигнуть и другие поражения. Война только начинается… Но будущее принадлежит демократии, свобода — ее непобедимое оружие. Ее цель — прогресс. Я всем своим существом верю в эти идеалы. Это мое единственное достоинство, дающее мне основание претендовать на должность президента. Поражения в войне не заставят нас отказаться от наших идей, сила которых превыше пушек».

Между тем оставаться и в Гуадалахаре было небезопасно. Хуарес решил направиться в город Колиму, но ему помешал мятеж одной из рот местного гарнизона, которым командовал подполковник Ланда. Мятежникам удалось выпустить из тюрьмы уголовников и с их помощью арестовать Хуареса и членов его правительства.

Хуарес, Окампо, Прието и другие руководители левых оказались в руках пьяной солдатни. Мятежники пытались расстрелять Хуареса, но Прието прикрыл его собой и страстной речью уговорил солдат сохранить арестованным жизнь. Как всегда в моменты опасности, так и на этот раз Хуарес проявил полную невозмутимость, спокойствие и хладнокровие. Мятежники, против которых охрана Хуареса открыла огонь, потребовали от него приказать конституционалистам сдаться, обещая взамен сохранить ему жизнь. Хуарес решительно отказался выполнить их требование, более того, он убеждал мятежников сложить оружие и подчиниться законному правительству. Три дня продолжались бои в Гуадалахаре. Наконец сторонникам Хуареса удалось освободить его. Этот эпизод со свойственной ему лаконичностью Хуарес так записал в своем дневнике: «13-го восстала охрана дворца и по приказу Лайды, возглавлявшего мятеж, меня арестовала. 15-го я был освобожден».

В тот же день, 15 марта, президент, его министры в сопровождении отряда в 100 человек покинули Гуадалахару, преследуемые все тем же подполковником Ландой.

По дороге беглецы остановились переночевать в селении Атаклан. Здесь их настиг и окружил подполковник Ланда. Казалось, смерть снова пришла за Хуаресом и его друзьями. Хуарес предложил своим министрам оставить его и попытаться по одному бежать. Сам же он, как и полагается главнокомандующему, останется с верными ему бойцами сражаться до последнего патрона. Министры Хуареса не пожелали покинуть его. Было решено всем вместе пробиваться сквозь окружение, что им удалось сделать следующей ночью.