В дальнейшем, Западная Сибирь переходила из одного владения в другое, пока, наконец, в конце XV века не получила самостоятельность и не оформилась в виде сначала Тюменского, а потом и Сибирского ханства.

В первой половине XIV века правитель Золотой Орды джучид хан Узбек подчинил своему влиянию долины Тобола, Ишима и Иртыша. Эти владения находились под его властью по крайней мере до 1342 года, до смерти хана. Во время 20-летней смуты в Золотой Орды› области оказались, скорее всего, в составе Заяицкого юрта, которым в 1362-1374 году правил хан Алибек. В 1379 году Золотая Орда была объединена Тохтамышем.

В 1395 году начался поход Тимура на Золотую Орду, который завершился разгромом золотоордынского войска и разорением столиц. Судя по отрывочным данным, поход прошел в том числе и по южным областям Западной Сибири. По результатам этого похода западносибирские земли отошли во владения Ак-Орды.

Разгромленный хан Золотой Орды Тохтамыш скрылся в Тюменском улусе, где и пробыл до 1406 года, когда его убил хан Шадибек, правитель Кок-Орды, а затем и Золотой Орды, марионетка основателя Ногайской Орды Эдиге. В 1407 году, после смерти Шадибека, Эдиге сажает на престол Тюменского улуса Чокре, который в 1414 году становится ханом Золотой Орды.

После гибели Эдиге, его сын Мансур сажает в 1421 году на престол Ногайской Орды и Сибири Хаджи Мухаммада, который избирает своей столицей Кызыл-Туру, бывшую столицей Турана в домонгольское время.

В 1428 году хан Абулхаир, шейбанид, выделяется из Ак-Орды и основывает Узбекский улус и захватывает Тюменский улус. Причем центр этого кочевого объединения располагался на Туре, недалеко от Чингидина. В 30-50-х годах XV века Узбекский улус занимал обширную территорию, от Урала до Балхаша, и от Аральского моря до среднего течения Иртыша.[43] Это достаточно интересное средневековое государство, о котором мало что известно. Один из крупнейших специалистов по государству кочевых узбеков Б.А. Ахметов признает: «Исторической науке до настоящих дней остается мало известным как само это государство (его создание, развитие и упадок), так и социально-политическое положение тюркских племен, кочевавших на этой обширной территории в X V веке».

Известно, что это государство было разделено на пять улусов. Первый улус, включавший северное Приаралье, принадлежал Джумандук-хану. Второй, земли по Яику и Эмбе, был улусом мангытов, позднее ядром Ногайской орды. Третий улус, верховья Тобола и Ишима, был владением Махмуд-ходжа-хана. Четверый, земли в верховьях Ишима и вокруг озера Тенгу, принадлежал Мустафе-хану. Пятый, земли по левому берегу Иртыша, выше впадения Тобола, был отдан Давлат-шейх-оглану.

Правда, в 1456 году ойраты нанесли первое поражение узбекам, результатом которого стал постепенный распад государства кочевых узбеков. В 1467 году Джанибек, внук Урус-хана, правителя Ак-Орды, отделился от Узбекского улуса и образовал в долине Чу и Таласа Казахское ханство.

Внук Хаджи Мухаммада – Хаджи Мухаммад Ибрагим, или просто Ибак, в 1468 году захватывает престол в Кызыл-Туре. Это был яркий правитель, достигший очень больших успехов. 20 лет его владение соседствует с владением Мара, потомка Тайбуги, сидевшего в Чингидине. В 1480 году начинается большой поход Хаджи Мухаммад Ибрагима на запад. В этом году он нападает на Мара, убивает его и переносит столицу в Чингидин. Осенью начинается поход на Казанское ханство, потому что было известно, что казанский хан Ахмед ушел на Русь, но не смог добиться победы, и вернулся после стояния на Угре. В январе 1481 года Ибак разгромил войско Ахмеда и убил самого хана. Казанское ханство попало под влияние правителя Сибирского ханства, основанного после этих побед.

Однако, в конце X V века начинается быстрый закат ханства. В 1490 году Ибак лишается трона в Ногайской Орде, в 1493 году возвращает его.