Также, как и хунны, монголы строили города, селили в них ремесленников и начинали активно использовать природные богатства завоеванного края. Монгольской экспедицией АН СССР были исследованы монгольские города, построенные в современной Туве сразу после завоевания 1207 года. В этой области монголы построили пять городов, из которых главным был город у Дёп-Терек на Улуг-Хеме. Они не имели крепостных стен, но по размеру это были крупные города. Монголы были уверены в своем превосходстве, потому городских укреплений не строили, но возвели в Дёп-Тереке роскошный дворец. Город у Дёп-Терек занимал пощадь около 30 гектар и вытягивался на 1200 метров. В нем археологи насчитали порядка 120 зданий, в том числе дворцовое сооружение.

Основное занятие городских жителей – черная металлургия. Это был центр выплавки чугуна. Для печей в 7 километрах от города добывался уголь на современном Элегестском угольном месторождении. Там найдены древние шахты. Из угля выжигался кокс, найденный в городе Дёп-Терек.

Сведения, почерпнутые из находок монет, показвают, что монголы перерезали традиционные связи Южной Сибири с соседними регионами, точно так, как это сделали русские в начале XVIII века. Коллекция монет Минусинского музея показывает, что наиболее активная торговля велась в IX веке (237 монет). А вот от всего монгольского периода только 9 монет, из них 8 отчеканено в государстве Цзинь, а одна принадлежит монгольской династии Юань. То есть, торговых связей практически не было.

Монголам завоевание кыргызов обошлось довольно дорого. Вскоре после похода 1207 года произошло восстание. Они время от времени вспыхивали до 1293 года, когда юаньский полководец Тутухай не повторил похода Джучи. Ему удалось разгромить кыргызов, и для предотвращения новых восстаний там было поселено 700 семей военных поселенцев. Правда, и это достижение было относительно недолгим, поскольку в 1368 году династия Юань пала, и Южная Сибирь отложилась от монголов. После полутора веков монгольской эксплуатации, кыргызы так и не смогли вернуть себе былого могущества. Среди утрат, вызванных этой эксплуатацией, можно назвать утрату культуры поливного земледелия, имевшего высокий уровень развития в домонгольскую эпоху. Практически были утрачены навыки строительства глинобитных домов и сооружений, хотя в Кыргызском каганате до монголов построили много таких зданий. Следы этих навыков сохранились в виде строительных терминов, оставшихся в языке.

Этот момент представляет очень большой интерес. Борьба с попытками эксплуатации Сибири, превращения ее в сырьевую базу, составляет важную часть содержания всей истории Сибири. Завоеватели применяли, в общем, схожую стратегию: военный захват, строительство городов, завоз ремесленников. По всей видимости, что в русское время, что в перечисленных случаях, превращение Сибири в сырьевую базу вызывало разрушение внутреннего рынка, внешних связей (что видно на примере находок монет в Минусинской котловине), а также подрыв самого хозяйства.

Пока что возможно только краткое описание этой важной стороны сибирской истории, потому что крайне недостаточно сведений, как из письменных источников, так и археологических данных. Будущие исследования дадут более полную картину создания сырьевой базы в Сибири хуннами и монголами, и позволят провести сопоставление с русским периодом.